همان طور که دولت مسعود پزشکیان در سیاست سنگ زیرین آسیاست، وزارت علوم این دولت نیز در کشاکش‌های سیاسی سنگ زیرین آسیاست. برای این ادعا چند شاهد می‌‌توان آورد. بازگشایی دانشگاه‌ها در هماهنگی با رئیس جمهوری، شورای عالی امنیت ملی و شورای امنیت کشور بوده است. اما به رغم این، بودند بخش‌هایی که مخالف حضوری شدن دانشگاه‌ها بودند. شاهد دیگر، این است که در درگیری‌های رخ ‌داده در برخی دانشگاه‌ها، مدیران دانشگاه‌ها بین دو گروه حضور داشتند تا درگیری بالا نگیرد. شاهد سوم و مهم‌تر این ادعا که وزارت علوم سنگ زیرین آسیاست، این است که به رغم مجادلات، خطاها، گاهی زد و خوردها و برخی افعال خلاف شئون، مسأله‌های چند روز گذشته دانشگاه همچنان «درون دانشگاهی» باقی ماند. با تکیه بر این شواهد، عملکرد وزارت علوم و مدیریت دانشگاه‌ها در روزهای اخیر به ویژه پس از حوادث دی ماه را می‌‌توان قابل قبول دانست. البته در جامعه‌ای چون ما که نگاه صفر و صدی بر آن حاکم است و همه چیز در دو مقوله «خوب‌ها» و «بدها» دسته بندی می‌‌شوند، طبیعی است که عده‌ای مدیریت وزارت علوم را «بد» و عده‌ای دیگر خواهان شدت و تندی بیشتر باشند. اما خصلت میانجی بودن وزارت علوم در دولت چهاردهم و خصلت میانجی بودن دانشگاه اقتضا می‌‌کند در هر نقطه عطف این نهاد، تدابیری اتخاذ شود تا از مشکلات مقطعی عبور شود، نه اینکه مشکلات مقطعی به بحران‌های دائمی تبدیل شوند. این همان «مدیریت و مدارایی» است که حسین سیمایی صراف، وزیر علوم بر آن تأکید کرده است.
 
مسأله بازگشایی دانشگاه
می‌شد حدس زد که بازگشایی دانشگاه پس از حوادث دی ماه توأم با ریسک خواهد بود. ریسک به این معنی که احتمالاً تجمعات همراه با تنش باشد. اما به رغم ابراز نگرانی‌ها، وزارت علوم و شخص وزیر بر بازگشایی پافشاری کردند. دلیل حمایت از بازگشایی دانشگاه، در وهله اول عمل به تدبیر مقام معظم رهبری است مبنی بر اینکه روندها در کشور باید به صورت عادی ادامه یابد. دلیل دوم این واقعیت است که حتی تجمعات همراه با تنش، یک واقعیت ناگزیر برای عبور نهاد دانشگاه از وضعیتی است که در بیرون از دانشگاه ایجاد شد. اظهارنظرهای مسئولان وزارت علوم چرایی دفاع از ایده بازگشایی دانشگاه‌ها را توضیح می‌‌دهد. وزیر علوم گفت که «حامی حضوری بودن دانشگاه‌ها هستیم و ریسک آن را هم پذیرفتیم.» البته حسن سیمایی صراف این را اضافه کرد که حضوری بودن دانشگاه‌ها «به‌شرطی که دانشگاه محل خشونت، توهین، نفرت‌افکنی و اهانت به نمادهای ملی و میهنی نشود.» مسعود تجریشی رئیس دانشگاه صنعتی شریف هم گفت: «در برخی جلسات، بخشی از نهادهای کشور پیشنهاد داده بودند دانشگاه‌ها مجازی شود، اما ما اعلام کردیم می‌توانیم موضوع را در داخل دانشگاه مدیریت کنیم و اجازه ندهیم مسائل به بیرون منتقل شود.» محمدعلی دادگسترنیا، دستیار رسانه‌ای وزیر هم گفت: «بسیاری می‌‌خواهند دانشگاه بسته بماند و آموزش مجازی باشد. اما وزارت علوم اجازه نمی‌دهد محیط‌های دانشگاهی ناامن شوند.» برخلاف نگرانی‌های قابل قبول، به نظر می‌‌رسد جریان‌های خارج از کشور نیز دانشگاه را بسته می‌‌خواهند. زیرا در این صورت می‌‌توانند ادعا کنند وضعیت جامعه غیرعادی یا بحرانی است. نمی‌توان برخی دیدگاه‌های داخلی را نادیده گرفت که برخوردهای تند و سخت، مانند بستن دانشگاه را تنها راه حل برای برخورد با مسأله‌هایی اجتماعی و سیاسی می‌‌دانند که در دانشگاه فقط نمود می‌‌یابد. اما دولت و وزارت علوم ریسک بازگشایی دانشگاه‌ها را پذیرفتند تا اساساً دانشگاه و جامعه از این مرحله عبور کنند.
 
مدیریت اعتراضات در خود دانشگاه
پس از بازگشایی دانشگاه‌ها، تجمعاتی در برخی دانشگاه‌ها رخ داد که در مواردی با خشونت و رفتارهای خارج از عرف و شئون همراه شد. برخی از این رفتارها هرچند بسیار انگشت‌شمار بود، اما سبب جریحه‌دار شدن عواطف و احساسات ایرانیان شد. اما در این موارد چند نکته برجسته بود. نخست اینکه تجمعات، به ویژه تجمعاتی که با رفتارهای دور از آداب ملی همراه بود، کمتر از 3 یا حتی 2 درصد دانشجویان را دربر می‌گرفت و نمی‌شد و نمی‌توان آن را به همه دانشگاه‌ها و همه دانشجویان تسری داد. مهم‌تر اینکه مطابق یافته‌های مدیران دانشگاه‌ها، حتی همین رفتارهای محدود نیز عموماً از سوی دانشجویان دوره کارشناسی و از میان دانشجویان کارشناسی، عموماً در دانشجویان ورودی جدید دیده شد. این واقعیت، دو نتیجه را در پی دارد. یکی اینکه بر خلاف برخی ادعاها نه تنها بازگشت اساتید و دانشجویان به دانشگاه پس از وقایع سال 1401 کوچک‌ترین تأثیری در وقایع اخیر دانشگاه‌ها نداشت، این ایده وزیر علوم را تأیید می‌‌کند که «ما برای حضوری شدن دانشگاه‌ها هزینه دادیم، چون به بلوغ و عقلانیت دانشگاه اعتماد داریم. اما رفتار معدودی نباید منافع هزاران دانشجو را تحت‌تأثیر قرار دهد.» به طور کلی، رویکرد حسین سیمایی صراف و دیگر مدیران وزارتخانه و دانشگاه‌ها، دو بخش داشت؛ مدارا با اعتراض قانونی و درعین حال، مدیریت تنش و خشونت. این اظهارنظر وزیر علوم، مؤید این ادعا است: «حق اعتراض را به رسمیت می‌شناسیم و از آن استقبال هم می‌کنیم، اما مسلماً هیچ کس نه استاد نه دانشجو با آشوبگر همدل نیست.» 
در مواجهه با چنین شرایطی بود که وزارت علوم و دانشگاه‌ها، دو دستور کار را دنبال کردند؛ فراهم کردن شرایط برای بیان اعتراضات و برگزاری تجمعات قانونی و درعین حال، برخورد با معدود خاطیانی که این فضای نقادانه و شفاف را به حاشیه بردند. در زمینه فراهم کردن شرایط اعتراض، می‌‌توان به اقدام دانشگاه تهران در ایجاد «باشگاه دانشجویان» اشاره کرد که قرار است محلی برای اعتراض دانشجویان باشد. در برخورد با دانشجویان خاطی، دانشگاه امیرکبیر اعلام کرد «در اسرع وقت رسیدگی به پرونده دانشجویان خاطی از هر طیفی آغاز و هیچ گونه اغماضی در این خصوص صورت نخواهد گرفت.» دانشگاه‌های شهیدبهشتی و صنعتی شریف هم با ارسال پیامک‌هایی به برخی دانشجویان اعلام کردند مانع ورود آنان به دانشگاه خواهند شد و این دانشجویان را به شورای انضباطی احضار خواهند کرد. البته در این میان برخی به دنبال برجسته کردن نقش بازگشتی‌ها به دانشگاه‌ها در سال 1401 در این دانشگاه‌ها و ایراد اتهام مدیریتی به وزارت علوم بودند، فارغ از اینکه آن بازگشت‌ها با احکام قضایی، عفو‌های قضایی یا صلاحدید نهادهای دخیل صورت گرفت و این گونه نبود که صرفاً وزارت علوم مؤثر باشد.
 
بازگشت دانشگاه به روند عادی
وزارت علوم در مدیریت دانشگاه‌ها، هم بر آزادی تجمعات و ابراز نظرات در چهارچوب قانون تأکید دارد، هم برخورد با خاطیان و معدود دانشجویانی که به دنبال جریحه‌دار کردن عواطف دیگر دانشجویان هستند. تا اینجای کار، وزارت علوم و رؤسای دانشگاه‌ها توانسته‌اند مسأله‌های دانشگاه را درون دانشگاه نگه دارند. در روزهای برگزاری تجمعات، هیچ گزارشی از ورود افراد غیرمرتبط به دانشگاه‌ها گزارش نشد. درعین حال، برخورد با معدود خاطیان هم با سازوکارهای درون دانشگاه، مانند شورای انضباطی صورت خواهد گرفت، نه فرآیندهای خارج از دانشگاه.همه اینها، برای تحقق هدفی بود که مسعود تجریشی، رئیس دانشگاه شریف اشاره کرد: «اعتقاد ما این است که دانشجویی که عصبانی است و اعتراض دارد، باید بتواند در محیط دانشگاه حرف خود را بزند تا موضوع به بیرون از درهای دانشگاه کشیده نشود.» 
این موفقیتی است که وزارت علوم به آن دست یافته است و این موفقیت، در شرایطی حاصل شد که این وزارتخانه و دانشگاه، از دو سو تحت فشار بود. یک سو؛ برخی جریان‌های داخلی که خواهان برخوردهای غیردانشگاهی با دانشگاه بودند و دیگر، جریان‌های خارج‌نشین که عادی شدن دانشگاه‌ها و عبور دانشجویان از مرحله بروز احساسات و عادی شدن گفت‌وگوهای داخلی را مغایر اهداف ضدایرانی خود می‌‌دانند.
وزارت علوم، دانشگاه‌ها و شخص حسین سیمایی صراف، مأموریتی چند منظوره را دنبال می‌‌کنند که همه آنها به وقایع دی ماه مرتبط است. از یک سو مأموریت بررسی علمی این وقایع و از سوی دیگر، تلاش برای بیان و بروز اعتراضات دانشجویی و درنهایت، عبور از همه این مراحل و تلاش برای بازگشت آرام دانشگاه به بدنه جامعه. این میان، راه دشوار سیمایی صراف از میان دو تنگنا عبور می‌‌کند؛ منتقدان داخلی دولت و بدخواهان خارج‌نشین ایران.