جواد نکونام مربیگری در فوتبال ایران را 22 مرداد 1396 از تیم لیگ یکی خونه به خونه آغاز کرد و در حالی که نتایج قابل قبولی در این تیم به دست آورده بود، با اولین شکست در لیگ آزادگان، پس از برگزاری جلساتی با مدیران باشگاه و ترک تمرینات، در تاریخ 30 دی 96 از مقام خود استعفا کرد. او حدود یک ماه بعد یعنی شش اسفند 96 سرمربی نساجی شد و با این تیم به لیگ برتر صعود کرد تا قائمشهری‌ها پس از 24 سال به سطح اول فوتبال ایران بازگردند. نکونام تا پنجم دی 97 سرمربی نساجی بود اما در پایان نیم‌فصل لیگ برتر، از این تیم جدا شد و 31 اردیبهشت 98 به عنوان سرمربی فولاد انتخاب شد و تا اول شهریور 1400 هدایت سرخپوشان اهوازی را بر عهده داشت. او در این مدت قهرمانی جام حذفی فصل 1400-1399 و نیز قهرمانی در سوپرجام 1400 را با فولاد به دست آورد اما از این تیم جدا شد. او پس از مدت کوتاهی و در 17 آبان 1400 دوباره به فولاد بازگشت تا جانشین عبدالله ویسی شود اما در تاریخ دوم اسفند 1401 و در آستانه بازی حساس با الهلال در لیگ قهرمانان آسیا از هدایت این تیم کناره‌گیری کرد که انتقادهای زیادی را از او در پی داشت.
