گروه ورزشی / جواد نکونام در حالی به عنوان سرمربی استقلال انتخاب شده که اولین بار در تیر ۱۳۹۱ و پس از جدایی از اوساسونا، با عقد قراردادی یک ساله به عنوان بازیکن به این تیم پیوست و امیر قلعه‌نویی سرمربی وقت استقلال هم، از او به عنوان کاپیتان جدید آبی‌ها نام برد. پس از انتشار این خبر، فرهاد مجیدی که در آستانه پیوستن به استقلال قرار داشت؛ در مصاحبه‌ای انتقادی اعلام کرد: «شرط قلعه‌نویی مبنی بر کاپیتان بودن نکونام در این تیم را نمی‌پذیرد» و پس از مصاحبه مجیدی، نکونام نیز در واکنش به موضوع کاپیتانی استقلال اعلام کرد: «برای مربیگری یا کاپیتانی به استقلال نیامده‌ام، آمدم که به تیم محبوبم کمک کنم اما هر تصمیمی که سرمربی تیم بگیرد، همه باید اطاعت کنند.» نکونام نخستین بار در هفته دوم لیگ برتر، در مقابل سایپا برای استقلال به میدان رفت که با شکست ۲–۱ استقلال همراه بود. با گذشت 16 هفته از مسابقات لیگ، نکونام در بازی با فولاد که با شکست ۳–۲ استقلال همراه بود، از روی نقطه پنالتی، اولین گل خود را برای استقلال به ثمر رساند. او تا پایان لیگ دوازدهم، پنج بار برای استقلال گلزنی کرد و با این تیم، به قهرمانی لیگ برتر رسید. او برای لیگ سیزدهم نیز، قراردادش را با استقلال تمدید کرد. تمدید قرارداد نکونام در حالی انجام گرفت که محمد عباسی وزیر وقت وزارت ورزش و جوانان در دوره محمود احمدی‌نژاد؛ برای جلوگیری از رفتن این بازیکن به لیگ امارات (که به لیگ خلیج عربی تغییر اسم پیدا کرده بود) خواهان تمدید قرارداد این بازیکن با استقلال شده بود و علی کفاشیان رئیس وقت فدراسیون فوتبال ایران نیز اعلام کرد: «در نامه‌ای به احمدی‌نژاد خواهان پرداخت پول به نکونام برای ماندن این بازیکن در لیگ ایران شده ‌است.» این در حالی بود که قلعه‌نویی سرمربی استقلال؛ از تمدید قرارداد نکونام اظهار بی‌اطلاعی کرده بود. نکونام در دومین فصل حضور در استقلال، از روی نقطه پنالتی سه بار برای این تیم در لیگ برتر گلزنی کرد و در لیگ قهرمانان آسیا نیز ۳ گل به ثمر رساند. با این حال، او در ۲۴ دی 1392، در فاصله سه روز مانده تا دربی، با مبلغی بیش از ۵۰۰ هزار دلار به مدت چهار ماه به الکویت پیوست و در مصاحبه‌ای علت جدایی‌اش از استقلال را دلخوری از قلعه‌نویی نامید!

دستیاران نکونام

نکونام پس از انتخاب به عنوان سرمربی استقلال، لیست دستیاران خود را در اختیار حجت کریمی قرار داده تا قرارداد آنها هرچه سریع‌تر به امضا برسد. حمیدرضا رجبی که در فولاد هم دستیار نکونام بوده، در استقلال هم او را همراهی خواهد کرد. کیانوش رحمتی بازیکن اسبق استقلال و همبازی او در پاس، دیگر دستیارش است. شاید جذاب‌ترین اتفاق بعد از حضور نکونام در استقلال، بازگشت مهدی هاشمی‌نسب به عنوان مربی به جمع آبی‌ها باشد. یاغی معروف فوتبال ایران یکی از گزینه‌های نکونام برای حضور در کادر فنی است. مربی بدنساز اسپانیایی دیگر گزینه قطعی نکونام برای حضور در کادر فنی است، اما سرمربی استقلال به دنبال این است که دستیار اول خود را هم از اسپانیا بیاورد. از بین بهزاد غلامپور و وحید طالب‌لو هم یک نفر به عنوان مربی دروازه‌بان‌ها انتخاب خواهد شد.