محمدعلی نیکبخت با رأی قاطع نمایندگان مجلس شورای اسلامی به عنوان دومین وزیر جهاد کشاورزی دولت سیزدهم انتخاب شد. در جلسه بررسی صلاحیت وزیر پیشنهادی، نمایندگان پس از استماع گزارش کمیسیون جهاد کشاورزی مبنی بر تأیید برنامه‌های نیکبخت، نظر نمایندگان موافق و مخالف و نیز دفاع وزیر پیشنهادی از برنامه هایش، با ۱۹۸رأی موافق، ۴۰ رأی مخالف و ۱۰رأی ممتنع از مجموع ۲۴۸ رأی اعتماد خود به نیکبخت را اعلام کردند. تجربه موفق نیکبخت در مسئولیت‌های پیشین از جمله در مناطق محروم، انتخاب او به عنوان فردی برآمده از بدنه جهاد کشاورزی، سلامت اقتصادی و مقبولیت او در میان پرسنل وزارت جهاد کشاورزی از جمله دلایلی بود که نمایندگان در دفاع از وزیر پیشنهادی عنوان کردند.محمدعلی نیکبخت هم در جریان دفاع و تشریح برنامه‌های خود با تأکید بر اینکه رفع کمبود کالاهای اساسی و جلوگیری از انحصار از اولویت‌های وزارت جهاد کشاورزی خواهد بود، گفت: رفع عوامل محدودکننده تولید پایدار و بهره‌ور را با تأکید بر سه اصل مهم یعنی خودکفایی در محصولات اساسی، حفظ سرمایه‌های انسانی از طریق رعایت کرامت، ارتقای سطح معیشت بهره برداران و حفظ منابع پایه مورد توجه دارم. وی، دیگر جهت‌گیری برنامه‌اش برای وزارت جهاد کشاورزی را ریل‌گذاری برای تأمین امنیت غذایی مردم، کشاورزی دانش بنیان و رشد تولید برشمرد و گفت که بنا دارد برای مدیریت مصرف آب در حوزه کشاورزی از مشارکت مردم و تجهیز منطقه به امکانات نرم‌افزاری و سخت‌افزاری نوین برای مصرف بهینه استفاده کند.
