این تغییرات سه پیامد عمده از جمله از بین رفتن دید کلان در مدیریت منابع طبیعی، ایجاد رویکردهای جزیره‌ای در تصمیم‌گیری‌ها و کاهش هماهنگی در اجرای برنامه‌های ملی را در پی دارد. پراکندگی مسئولیت‌ها میان نهادهای مختلف با اولویت‌ها و منافع متفاوت، مدیریت منسجم سرزمین را با چالش جدی مواجه خواهد کرد.
با چند پاره شدن مسئولیت‌ها؛ نهادهای مختلف با اولویت‌ها و منافع متفاوت از جمله توسعه کشاورزی، حفاظت‌ محیط زیست، سودآوری بخش خصوصی و اولویت‌های استانی، وارد عمل می‌شوند. بدون یک سازوکار قدرتمند و مؤثر برای هماهنگی و حل تعارضات در سطح ملی، هر نهاد ممکن است در جزیره خود عمل کرده و تصمیماتش با منافع بلندمدت سرزمین در تضاد قرار گیرد که نبود هماهنگی بین‌بخشی را تشدید می‌کند.
 
 تعارض منافع ساختاری
در ادامه، مسأله تعارض منافع و تصمیم‌گیری‌های متضاد مطرح می‌شود. وزارت جهاد کشاورزی ذاتاً رویکرد توسعه‌محور با تمرکز بر بهره‌برداری از منابع را دارد، در حالی که سازمان حفاظت محیط‌زیست رویکرد حفاظتی را دنبال می‌کند. وقتی تصمیم‌گیری‌های مربوط به اراضی ملی و منابع طبیعی بین این دو نهاد تقسیم شود، تعارض منافع اجتناب‌ناپذیر خواهد بود. به عنوان مثال، تصور کنید یک منطقه جنگلی، هم پتانسیل زراعت چوب (که اولویت جهاد کشاورزی است) و هم ارزش زیست‌محیطی بالا (که اولویت محیط‌زیست است) دارد. در چنین شرایطی، کدام نهاد حق وتو خواهد داشت یا کدام رویکرد غالب خواهد شد؟ نبود یک مرجع حاکمیتی واحد و قدرتمند برای حل این تعارضات، به بلاتکلیفی، تأخیر در تصمیم‌گیری و در نهایت تخریب منابع منجر می‌شود. علاوه بر این، وقتی مسئولیت‌ها تکه‌تکه می‌شوند، پیدا کردن مسئول اصلی در صورت بروز مشکل و تخریب منابع دشوار می‌شود و هر نهاد ممکن است تقصیر را به گردن دیگری بیندازد که به عدم پاسخگویی شفاف می‌انجامد.

ضعف نظارت و اجرای قانون
با انتقال وظایف اجرایی به استان‌ها و بخش خصوصی، ستاد مرکزی سازمان منابع طبیعی قدرت نظارتی خود را از دست می‌دهد. واگذاری به بخش خصوصی، بدون نظارت قوی و قوانین بازدارنده، می‌تواند به طمع‌ورزی، بهره‌برداری بی‌رویه و تخریب منابع طبیعی بینجامد. تجربه‌های گذشته در واگذاری مراتع و جنگل‌ها این نگرانی را تأیید می‌کند.
همچنین پدیده‌هایی مانند قاچاق چوب، تغییر کاربری اراضی، تصرف منابع طبیعی و آلودگی‌های زیست‌محیطی، ابعاد ملی دارند. تضعیف نهادهای حاکمیتی در سطح ملی، مقابله با این تخلفات را دشوارتر می‌کند.
مدیریت یکپارچه ملی برای مقابله با سیل، خشکسالی، بیابان‌زایی، فرونشست زمین، آتش‌سوزی جنگل‌ها و بحران‌های زیست‌محیطی ضروری است. تضعیف ساختار متمرکز سازمان منابع طبیعی، هماهنگی و واکنش به این بحران‌ها را مختل می‌کند.
آمایش سرزمین نیز تحت تأثیر قرار می‌گیرد. برنامه‌ریزی بهینه برای استفاده از فضاهای جغرافیایی، نیازمند دید جامع و هماهنگی بین‌بخشی است. تکه‌تکه شدن نهادهای متولی، منجر به تصمیم‌گیری‌های جزیره‌ای و غیر بهینه شده و کارآیی آمایش سرزمین را تضعیف می‌کند.

تبعات حقوقی و قانونی
این مصوبه با قوانین موجود (مانند قانون تشکیل سازمان منابع طبیعی) در تناقض است که می‌تواند به ابهامات اجرایی، شکایات و اختلال در روند اصلاحی بینجامد. این وضعیت یک خلأ قانونی ایجاد کرده و ثبات سیاست‌گذاری‌های کلان منابع طبیعی را تهدید می‌کند. ناهماهنگی‌های حقوقی و اجرایی، برنامه‌ریزی بلندمدت را مختل ساخته و به بی‌ثباتی در مدیریت منابع طبیعی منجر می‌شود.

هشدار جدی
انتقادات نسبت به این مصوبه، فراتر از انحلال یک سازمان است و آن را تهدیدی برای ساختار کلان مدیریت سرزمین ایران می‌دانند. اگرچه تعبیر «فروپاشی» ممکن است اغراق‌آمیز باشد، اما پیامدهای محتمل این مصوبه چون تضعیف حکمرانی سرزمین، از بین رفتن انسجام ملی در مدیریت منابع، افزایش تعارضات بین‌بخشی و کاهش نظارت و تشدید تخریب محیط‌‌زیست، جدی است. این تغییرات می‌تواند به بحرانی در مدیریت پایدار منابع طبیعی بینجامد.
موفقیت این تغییرات، به شدت وابسته به ایجاد سازوکارهای قدرتمند و مؤثر برای هماهنگی بین نهادهای مختلف (محیط‌زیست، جهاد کشاورزی، استانداری‌ها و بخش خصوصی)، وضع قوانین جدید و شفاف و تقویت نظارت بر عملکرد اجرایی در سطوح مختلف خواهد بود. بدون این تضمین‌ها، نگرانی‌ها در مورد «فروپاشی حکمرانی سرزمین» کاملاً قابل درک و جدی است.
مصوبه اخیر شورای اداری مبنی بر انحلال سازمان منابع طبیعی، نه‌تنها موجب نگرانی عمیق کارشناسان و دغدغه‌مندان حوزه محیط‌زیست و منابع طبیعی شده، بلکه پرسش‌های جدی را در مورد منافع ملی و استراتژیک کشور مطرح می‌کند. این مصوبه، در شرایطی که کشور با چالش‌های متعددی در زمینه امنیت غذایی، حفاظت از انفال (به عنوان میراث طبیعی و اقتصادی ملت) و مدیریت پایدار زیست‌بوم‌ها روبه‌رو است، به شکلی سؤال‌برانگیز به مرحله تصویب رسیده است.
آنچه بیش از همه مایه تأسف و نگرانی است، پوشاندن تصمیمات فاقد پشتوانه علمی و کارشناسی، با ظاهری موجه و علمی است. در حالی که بدنه کارشناسی متخصص و باسابقه در سازمان منابع طبیعی و سایر نهادهای مرتبط، به اتفاق، این انحلال را مغایر منافع ملی و اصول مدیریت پایدار منابع می‌دانند و محتوای آن را فاقد مبنای کارشناسی مستحکم تلقی می‌کنند، اعلام می‌شود که این طرح حاصل ۹ ماه «کارشناسی» بوده است. این ادعا، در تناقض آشکار با ارزیابی‌های تخصصی و نظرات کارشناسان، این سؤال اساسی را به ذهن متبادر می‌سازد که آیا این تصمیم‌گیری ناشی از سهل‌انگاری و بی‌اطلاعی است؟  واقعیت امر این است که سازمان منابع طبیعی با تمام ظرفیت‌ها و تجربیات خود، ستون فقرات حفاظت و بهره‌برداری اصولی از عرصه‌های طبیعی کشور از جمله مراتع، جنگل‌ها، بیابان‌ها و آبخیزها را تشکیل می‌دهد. انحلال این سازمان به معنای از دست دادن سازوکار تخصصی، دانش بومی و مدیریتی است که سال‌ها برای حفظ و احیای این منابع حیاتی صرف شده است. تبعات این اقدام از جمله تشدید بحران‌هایی چون فرسایش خاک، بیابان‌زایی، کاهش تنوع زیستی و در نهایت تهدید جدی‌تر امنیت غذایی کشور خواهد بود. 
با توجه به ماهیت چندوجهی و حساسیت بالای منابع طبیعی، هر گونه تغییر بنیادین در ساختار مدیریتی آن، نیازمند بررسی‌های جامع، مطالعات زیست‌محیطی دقیق و اجماع نظر کارشناسان و ذینفعان است، اما به نظر می‌رسد این مصوبه، بدون طی این مراحل ضروری و با نادیده گرفتن هشدارهای کارشناسی تصویب شده است.
لذا با قاطعیت می‌توان گفت این مصوبه،  عملاً قابلیت اجرا نداشته و نخواهد داشت. اصرار بر پیشبرد چنین تصمیمی، صرفاً اتلاف منابع، وقت و انرژی است و دستاوردی جز تضعیف بیشتر حاکمیت بر منابع طبیعی و آسیب رساندن به منافع بلندمدت کشور نخواهد داشت.