طی بررسی‌های صورت گرفته در سال 1400، میزان شوری خاک‌های خوزستان، 60 درصد بوده که در مقایسه با سال 1399، با افزایش 23 درصدی مواجه شده است. این میزان شوری خاک در سال 1399، بیشتر از چهار دسی زیمنس بر متر و 37 درصد اعلام شده بود.
فرسایش، تغییر کاربری اراضی، کمبود مواد آلی، کاهش حاصلخیزی، شوری، آلودگی و تنوع زیستی، از جمله مشکلاتی است که کارشناسان بارها در این خصوص صحبت کرده‌اند. علیرضا جعفرنژادی، معاون پژوهشی مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان خوزستان درخصوص چالش‌های مهم خاک خوزستان با نگرش خاک‌های کشاورزی می‌گوید: تغییرات اقلیمی خواه یا ناخواه کشاورزی را دستخوش تغییر کرده و باعث شده کربن به جای خاک در اتمسفر باشد. به گفته او یکی از محدودیت‌های خاک کشور، محدودیت شوری است؛ از هشت میلیون هکتار اراضی آبی، ۳.۳ میلیون هکتار آن محدودیت شوری دارند، از طرف دیگر با انواع تنش‌ها از جمله سرما، گرما، آفات، خشکی و بارندگی‌های سیل آسا در کشور و استان خوزستان مواجه هستیم.
او یکی از مهم‌ترین دلایل شوری خاک‌های خوزستان را کیفیت آب‌های ورودی به مزارع دانسته و ادامه می‌دهد: اگر شوری آب ورودی کشاورزی را ۲ دسی زیمنس بر متر در نظر بگیریم، حدود یک هزار و ۲۸۰ میلی‌گرم نمک در یک لیتر آب دارد که باید شیوه کشت و آبیاری مدیریت شود.
به گفته معاون پژوهشی مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان خوزستان، عواملی چون آبیاری بی‌رویه با استفاده از آب‌های شور، بی‌توجهی به پتانسیل اراضی برای بهره‌برداری، تغییر کاربری اراضی بدون توجه به استعداد آن، تغییرات رژیم هیدرولوژی زیست بوم‌ها، از بین بردن پوشش گیاهی بومی منطقه در اثر خشکسالی‌های انسان ساز و عدم امکان توسعه مجدد آن، عدم به کارگیری فناوری‌های نوین در بهره‌برداری از اراضی و عدم استفاده از تناوب کشت، خاک را تحت تأثیر قرار می‌دهد.
به گفته جعفرنژادی، خاک‌های خوزستان جوان هستند و فعل و انفعالات زیادی روی آنها انجام نشده به طوری که اراضی بدون محدودیت قابل کشت خوزستان حدود ۳.۱۵ درصد کل اراضی است.
وی ادامه می‌دهد: ۱۴.۱ درصد از اراضی کلاس دو و ۱۸.۵ درصد از خاک‌های کلاس سه قابل کشت است، در واقع خوزستان در داشتن خاک‌های باکیفیت نیز محدودیت دارد.
این پژوهشگر یکی دیگر از چالش‌های خاک‌های خوزستان را ph عنوان کرد و گفت: میانگین ph خاک‌های خوزستان ۷.۴ است که تقریباً بعد از ۱۰ سال این میزان دستخوش تغییر نشده و چالش ایجاد می‌کند زیرا محدوده ph خاک ما به گونه‌ای است که عناصر را به مرحله تثبیت می‌کشاند. او در خصوص چالش‌های دیگر خاک‌های کشاورزی خوزستان می‌گوید: آهکی بودن خاک‌های خوزستان، خاک ورزی شدید، نامناسب بودن فرمول‌های کودی و
تک عنصری بودن کودهای شیمیایی، عدم توجه برخی کشاورزان خرده پا به حرف کارشناسان و آتش زدن بقایای گندم از دیگر چالش‌های خاک‌های کشاورزی این استان محسوب می‌شود.