جایزه مصطفی (ص) که اولین بار در اوایل دهه ۹۰ خورشیدی در محافل علمی ضرورت برگزاری آن مطرح شد، پس از آماده‌سازی‌های اولیه نخستین بار در سال ۱۳۹۴ ظهور کرد و در گام اول، دو دانشمند مسلمان حوزه نانوفناوری را به عنوان برگزیده شناخت.
هر ساله جوایز علمی زیادی در سراسر دنیا به دانشمندان حوزه‌های مختلف اهدا می‌شود. مجموعه جوایز نوبل در شش رشته؛ از جمله چهار رشته علمی فیزیک، شیمی، اقتصاد و زیست‌شناسی و پزشکی، شناخته‌شده‌ترین جایزه از میان این جوایز است. جوایز دیگری مانند جایزه فیلدز در علوم ریاضی، جایزه تورینگ در علوم رایانه، جایزه ملکه الیزابت در علوم مهندسی، جایزه ملک فیصل در پنج شاخه؛ از جمله دو شاخه علمی پزشکی و علم از جمله این جوایز برای قدرشناسی از زحمات دانشمندان در سراسر جهان است که توسط نهادهای ملی، بین‌المللی یا مؤسسات مردم نهاد برگزار می‌شود.
این جوایز، گستره کلی علم و فناوری و با اهداف گرامیداشت دانشمندان در کل جهان را دربر می‌گیرد و فقط جایزه ملک فیصل در شاخه‌های خدمت به اسلام و اسلام‌شناسی توجه خاصی به اسلام دارد که البته تنها شامل دانشمندان مسلمان نیست.
به گزارش ایرنا، بنیاد علم و فناوری مصطفی(ص) پنجمین دوره جایزه مصطفی را مهرماه ۱۴۰۲ در شهر اصفهان برپا می‌کند.
 
چگونگی ایجاد و تأسیس جایزه مصطفی(ص)
با هدف شناسایی تلاش‌های دانشمندان مسلمان در توسعه علم و فناوری در جهان و بعد از مطالعه علمی ۳۰۰ جایزه جهانی و بررسی استانداردهای این جوایز از اوایل دهه ۹۰ ایده تشکیل و اهدای جایزه‌ علمی با ارزشی در سطح بین‌المللی مزین به نام پیامبر اکرم(ص) و به دلیل اهمیت دانش در سخنان پیامبر خاتم و مختص دانشمندان مسلمان شکل گرفت.
در همین راستا اساسنامه جایزه مصطفی(ص) در جلسه ۷۱۴ مورخ ۳۰ خرداد ۹۱ شورای عالی انقلاب فرهنگی به عنوان جایزه عالی علم و فناوری تصویب و این مصوبه ۱۴ بهمن همان سال ابلاغ شد.
بر اساس اساسنامه، ارکان جایزه شامل شورای سیاستگذاری و گروه‌های داوران است. رئیس شورا، معاون علمی و فناوری رئیس‌جمهور است و پنج نفر اعضای حقیقی توسط شورای عالی انقلاب فرهنگی برای چهار سال انتخاب می‌شوند. اعضای حقوقی ایرانی شامل وزیر امور خارجه، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی، رئیس جامعة المصطفی العالمیه، رئیس فرهنگستان علوم، رئیس فرهنگستان علوم پزشکی، رئیس سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی و رؤسای کمیسیون‌های آموزش و بهداشت مجلس شورای اسلامی، رئیس دانشگاه تهران و رئیس دانشگاه صنعتی شریف است.
اعضای حقوقی خارجی نیز دو نفر از رؤسای نهادهای اسلامی بین‌المللی از جمله: آکادمی علوم جهان اسلام، کمیته همکاری‌های علمی فناوری سازمان همکاری‌های اسلامی (کامستک)، بانک توسعه اسلامی، سازمان آموزشی علمی و فرهنگی اسلامی (آیسسکو)، دو نفر از رؤسای مسلمان دانشگاه‌های معتبر جهان اسلام با پیشنهاد رئیس شورای سیاستگذاری و تصویب اعضای دیگر برای مدت یک دوره هستند.
همچنین رئیس پارک فناوری پردیس عضو و دبیر شورای سیا‌ستگذاری است.محوریت اصلی جایزه، شناسایی و معرفی برترین‌های علم و فناوری جهان اسلام است. این امر از طریق ارزیابی طرح‌های علمی و فناورانه و اعطای جایزه به دانشمندان و متخصصان برتر در سطح جهان اسلام انجام می‌شود. به علاوه، این جایزه در پی ایجاد فضایی است که در آن صاحبان و متقاضیان فناوری در کشورهای اسلامی حضور یابند و ضمن ارائه دستاوردها و نیازهای خود، زمینه برای تعامل و همکاری بیشتر آنها فراهم شود.
جایزه مصطفی(ص) هر دو سال یک بار به دانشمندان برتر جهان اسلام در سه حوزه تخصصی فناوری ارتباطات و اطلاعات، علوم زیستی و پزشکی، نانو و یک حوزه عمومی (کلیه حوزه‌های علم و فناوری) اعطا می‌شود که از دوره پنجم، حوزه عمومی به علوم پایه و مهندسی تغییر یافته است. جایزه شامل تندیس، لوح تقدیر و هدیه ویژه به مبلغ ۵۰۰ هزار دلار امریکا است و به هر کدام از برگزیدگان به‌تنهایی یا به صورت مشترک اهدا می‌شود. مبلغ نقدی این جایزه از محل صندوق سرمایه‌گذاری و موقوفات جایزه مصطفی(ص) تأمین می‌شود و دولت نقشی در تأمین مالی آن ندارد.
در این جایزه افراد خود نامزد نمی‌شوند و یک نهاد علمی ممتاز یا برجسته می‌تواند معرف نامزدهای دریافت جایزه باشد یا دستاوردهای شاخص علمی توسط دبیرخانه جایزه رصد و کشف می‌شود. آثار برگزیده باید در مرزهای دانش و نوآوری و دارای اصالت باشند. بدیع بودن و مسبوق نبودن به سابقه از ملاک‌های اعطای جایزه است. اثر برگزیده باید کاربرد و نتایج خاصی در زندگی مردم و توسعه علم و فناوری داشته باشد.
این جایزه هر سال و همزمان با ایام هفته وحدت و ولادت پیامبر اکرم یعنی ۱۷ ربیع‌الاول برگزار می‌شود و مجموعه‌ای از رویدادها را در بر می‌گیرد که به ‌تدریج به هفته جایزه مصطفی(ص) مشهور شده است.