در حالی که وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در صدد جمع کردن واحدهای خرد و کوچک و ادغام آنها با یکدیگر و در عین حال توسعه واحدهای بزرگ است، رشد قارچ گونه واحدهای دانشگاه آزاد اسلامی سؤال برانگیز شده است. انتقادهایی از تعدد بسیار زیاد واحدهای دانشگاه آزاد اسلامی در سراسر کشور وجود دارد. دانشگاه آزاد اسلامی در ابتدای کار خود برای استفاده آن دسته از داوطلبانی که شانس حضور در دانشگاه سراسری را نداشتند، تأسیس شد اما اکنون وجود برخی از این واحدها با تعداد انگشت‌شماری دانشجو، ضرورتی ندارد. طبق گزارشی که خبرگزاری ایسنا نسبت به تعداد واحدهای دانشگاه‌های آزاد منتشر کرده اعلام شده است؛ یکی از راه‌های رسیدن به عدالت آموزشی، تأسیس واحدهای دانشگاه آزاد و پذیرش تعداد بیشتری از دانشجویان بود. طبعاً به مرور زمان، هدف از تأسیس دانشگاه آزاد محقق شد و تعداد بیشتری از داوطلبان با پرداخت شهریه به دانشگاه رفتند و به رؤیای دانشجو شدن، دست یافتند.
اما با مرور زمان و در دهه اخیر، شرایط دیگر مانند همان سال‌های اول به صورت مطلوب پیش نرفت. به طوری که با گذشت زمان، تعداد واحدهای تأسیسی دانشگاه آزاد، مشکلاتی هم در خصوص این دانشگاه به وجود آورد. چراکه شرایط دانشگاه آزاد به لحاظ کمی و تعداد واحدهای این دانشگاه، سال به سال به طرز عجیبی افزایش پیدا کرد. طوری‌که در برخی مناطق و شهرستان‌ها در خارج از شهر و در کنار جاده هم شاهد تابلو دانشگاه آزاد هستیم.
در حال حاضر دانشگاه آزاد اسلامی بیش از ۵۰۰ واحد دانشگاهی دارد و البته به لحاظ جمعیتی هم بزرگ‌ترین دانشگاه کشور محسوب می‌شود. چیزی که شاهد آن هستیم، این است که بعضاً در برخی استان‌ها، چند واحد دانشگاه آزاد وجود دارد. در ابتدا هدف از ایجاد این واحدها در برخی مناطق محروم هم این بود که به دنبال تأسیس دانشگاه، آن منطقه آباد شود. سیاستی که بعضاً در برهه‌ای کوتاه‌مدت شاید جواب داد ولی در حال حاضر باری است بر دوش دانشگاه آزاد و آموزش عالی کشور زیرا ما هم‌اکنون در برخی از واحدهای دانشگاه آزاد با ساختمان‌هایی تحت عنوان «دانشگاه آزاد اسلامی واحد…» مواجه هستیم که صندلی‌های خالی خود را به زور پر می‌کنند.
ایروان مسعودی اصل معاون نظارت و بازرسی امور فرهنگی و اجتماعی سازمان بازرسی ۲۸ خردادماه در مراسم اختتامیه «گردهمایی سراسری هم‌اندیشی و تبادل نظر ویژه سربازرسان و بازرسان امور فرهنگی و اجتماعی سازمان بازرسی کل کشور» که با حضور وزیر آموزش و پرورش و رئیس دانشگاه آزاد اسلامی برگزار شد، در خصوص دانشگاه آزاد اسلامی گفت: ادامه فعالیت ۱۷۰ واحد از کل واحدهای دانشگاه آزاد دیگر توجیه ندارد و برای ادامه فعالیت این واحدها بالاجبار از اعتبارات سایر واحدها هزینه می‌شود.
اخیراً دکتر محمدمهدی دهقان مدیرکل دفتر گسترش آموزش عالی وزارت علوم،‌تحقیقات و فناوری نیز ضمن اعلام خبر کاهش تعداد دانشگاه‌های کشور به ۴۰۰ دانشگاه، گفت: در حال حاضر ۲ هزار و ۱۸۳ مرکز آموزش عالی در کشور داریم که با اجرای طرح آمایش آموزش عالی این دانشگاه‌ها ادغام شده و تعداد آنها به ۴۰۰ دانشگاه کاهش می‌یابد.
مدیرکل دفتر گسترش آموزش عالی وزارت علوم،‌تحقیقات و فناوری تأکید کرد: برنامه ما در طرح آمایش آموزش عالی دانشگاه آزاد به این سمت حرکت می‌کند که بتوانیم به ۳۲ واحد استانی برسیم به این معنی که هر استان یک دانشگاه داشته باشد و واحدهای دانشگاه آزاد در دانشگاه استانی ادغام شوند.
با توجه به این اظهارات و انتقادات نسبت به تعداد واحدهای دانشگاه‌های آزاد در قبال عملکرد ضعیف آنها در حوزه آموزشی می‌بایست محمدمهدی طهرانچی رئیس دانشگاه آزاد اسلامی نسبت به تعداد قابل توجه واحدهای خرد دانشگاه آزاد که عملاً کاربردی در راستای توسعه آموزشی کشور ندارند پاسخ داده و شفاف‌سازی کند زیرا با توجه به وضعیت جذب دانشجو در سال‌های اخیر و همچنین نگاه جوانان به تحصیل و آموزش عالی، نیازمند تغییر و تحولات قابل توجه است. دانشگاه آزاد اسلامی نیز به عنوان دانشگاهی که بیشترین جمعیت دانشجویی را دارد، باید راه چاره‌ای برای بسیاری از مشکلات
خود بیندیشد.