در مقاله‌ای از سوی مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام(ره) مطرح شد
ادامه جنگ، پیشنهاد اصلی و قاطع آیت‌الله منتظری بود
پایگاه اطلاع‌رسانی جماران وابسته به مؤسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام خمینی(ره) با انتشار مقاله‌ای همراه با اسنادی تاریخی از نامه قائم مقام وقت رهبری به امام(ره) درباره وقایع دوران دفاع مقدس، به شرح خلاف‌گویی آیت‌الله منتظری در خاطراتش از سال‌های جنگ تحمیلی اشاره کرد.
در بخشی از این مقاله سطوری از کتاب خاطرات آیت الله منتظری آمده است که وی مدعی می‌شود؛ پس از فتح خرمشهر از سوی رزمندگان، مخالف ادامه روند جنگ و ورود بازدارنده به خاک عراق بوده است. آیت الله منتظری قائم مقام معزول رهبری در خاطراتش از آن زمان اظهار داشته است: «بعد از آزادی خرمشهر، نیروها بخصوص ارتش انگیزه کمتری برای ادامه جنگ داشتند، چون می‌گفتند ما تا حالا جنگ کردیم که دشمن را از کشورمان بیرون کنیم ولی حالا اگر بخواهیم در خاک عراق برویم این کشورگشایی است... روی همین اصل، من همان وقت پیغام دادم که هرکاری می‌خواهید بکنید حالا وقتش است و حمله کردن به عراق درست نیست». (کتاب خاطرات
آیت الله منتظری صفحه 589)
واقعیت پیشنهاد آیت‌الله منتظری چه بود؟
جماران در ادامه این مقاله که به قلم حمید انصاری قائم مقام مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) نگاشته شده، تصریح می‌کند که این ادعای وی به استناد مطلبی که در بخشی از نامه 5 صفحه‌ای او به امام(ره) آمده است نادرست بوده و خلاف واقع است.
در این مقاله در خصوص نامه آیت‌الله منتظری عنوان می‌شود که تاریخ نگارش این نامه 11 اسفند 1361 است و قائم مقام وقت رهبری نه تنها بعد از فتح خرمشهر مخالف ادامه جنگ نبوده است بلکه در بند دوم پیشنهاداتش در این نامه (که 9 ماه بعد از فتح خرمشهر نوشته شده است) به وضوح ضمن انتقاد از مسئولین جنگ بخاطر دست زدن به عملیات‌های کوچک برای تصرف شهرهای غیر مهم عراق، قاطعانه و به عنوان راه حل اساسی جنگ، پیشنهاد حمله به بغداد و تصرف پایتخت عراق را مطرح کرده‌اند و از اینکه مسئولین جنگ این پیشنهاد ایشان را تا کنون عمل نکرده‌اند، سخت انتقاد نموده است.
در متن نامه آیت‌الله حسینعلی منتظری خطاب به حضرت امام(ره) آمده است: «.....من پیشنهاد می‌کردم که فی‌التأخیر آفات، و هر ساعت تأخیر به ضرر ما و نفع صدام است؛ اینک که ارتش عراق از ایران اخراج شده و شکست خورده و روحیه خود را از دست داده‌اند وقت حمله است هرچه زودتر نیروهای سپاه و ارتش و بسیج را جمع آوری و یک حمله بزرگ را آغاز کنید و از فکر بصره و عماره و امثال اینها بیرون روید فرضاً بصره و عماره را هم گرفتید - عراق منهای بصره و عماره هم متصور است – آنچه موجب شکست حزب بعث است حرکت به طرف بغداد است نفس نزدیک شدن به بغداد روحیه آنها را ضعیف و مواجه با شکست و فرار می‌کند و نزدیکترین راه مندلی بود که می‌شد از آنجا به طرف بغداد رفت؛ دیدیم که گوش ندادند و هر روز سران ما وقت‌شان را به مصاحبه‌های تلویزیونی و وعده‌ها و تهدیدهای توخالی و در عین حال مناقشات گروهی گذراندند و با مشاهده قصورها و مسامحات در جبهه‌ها چشم پوشی روا می‌داشتند و مدت‌ها تأخیر انداختند تا صدام خوب مجهز شد و فرصت کانال کشی‌ها و ایجاد موانع مستحکم به او دادند......امضاء : {حسینعلی منتظری}»
پیش از این نیز برخی از کارشناسان تاریخی و مطلعان وقایع سال‌های ابتدایی انقلاب اسلامی، خاطرات آیت‌الله منتظری را قابل تشکیک و مستند به منابع و اشخاص مبهم و یا فوت شده عنوان کرده بودند که مهمترین نقل قول‌ها یا قضاوت‌های او با عباراتی نظیر «همان زمان شنیدم که»، «یک آقایی نزد من آمد و گفت»، ارجاع داده شده که از نظر شرعی و تاریخی قابل اعتماد و استناد نیست.
