صنعت پالایش با وجود ۴۴ سال تحریم‌های ظالمانه توانسته پویایی خود را حفظ کند و ظرفیت پالایشی کشور اکنون به بالای ۲.۲ میلیون بشکه رسیده، با این حال در دولت سیزدهم تلاش شده تا با اقدامات صورت گرفته صنعت پالایش و پخش از سوخت‌محوری به سودمحوری تغییر مسیر بدهد.
 شرکت ملی پالایش و پخش فرآورده‌های نفتی ایران با اجرای طرح‌های راهبردی و تغییر مسیر از سوخت‌محوری به سودمحوری، پالایش روزانه ۲میلیون و ۲۸۶ هزار بشکه نفت خام و میعانات گازی ، ۱۱۲ میلیون لیتر گازوئیل و  ۱۰۴ میلیون لیتر بنزین (که با رشد ۲۱ درصدی نسبت به سال قبل روبه‌رو شده) را انجام داده است. بر این اساس تأمین و توزیع ۶۱ میلیارد لیتر فرآورده‌های نفتی از طریق ۴۵۰۰ جایگاه عرضه سوخت و جابه‌جایی ۱۳۵ میلیارد لیتر فرآورده‌های نفتی در شعاع ۵۰۰ کیلومتر توسط ناوگان جاده‌ای در کشور و ثبت رکورد انتقال ۱۲۸ میلیارد لیتر نفت خام و فرآورده‌های نفتی با افزایش ۱۸ درصدی نسبت به دوره قبل به ثبت رسیده است.
در دولت سیزدهم تثبیت و ذخیره‌سازی استراتژیک ۱۳ میلیارد لیتر فرآورده‌های نفتی در کشور در کنار ساماندهی و مدیریت ۲۷ میلیون کارت هوشمند سوخت نیز انجام شده که به ایجاد امنیت انرژی در کشور کمک کرده است تا در هیچ نقطه حتی برای چند ساعت نیز مشکلی در تأمین سوخت کشور به وجود نیاید. همچنین تأمین سوخت ۱۰۰ نیروگاه تولید برق در جهت جلوگیری از خاموشی‌های گسترده در کشور به میزان ۱۷ میلیارد لیتر به ارزش ۸ میلیارد دلار از رسالت‌های مهم شرکت ملی پالایش و پخش فرآورده‌های نفتی ایران بوده که باعث شده با وجود مصرف بالای برق و گاز در کشور اما خاموشی ایجاد نشود. این در حالی است که در دولت قبل و زمانی که مصرف گاز و برق پایین‌تر بود باز هم خاموشی‌های زیادی را شاهد بودیم. از سوی دیگر، ساماندهی مصرف‌کنندگان فرآورده‌های نفتی در سامانه سدف با جلوگیری سالانه ۱۴ میلیارد لیتر انحراف در توزیع سوخت، تأمین و توزیع روزانه ۸۲ میلیون لیتر نفت‌گاز در بخش‌های غیرنیروگاهی، ارسال سوخت به صنایع بزرگ به میزان توزیع روزانه ۴۸۰۰ تن ال‌پی‌جی در کشور و تأمین و توزیع روزانه ۲۴ میلیون مترمکعب سوخت سی‌ان‌جی در کشور جهت جلوگیری در ناترازی بنزین و تنوع سبد سوخت خانوار، پایداری شبکه سوخت در کشور را به‌دنبال داشته است.
 همچنین با هدف صرفه‌جویی در مصرف سوخت مایع و امکان صادرات آن، تبدیل ۲۴۰ هزار خودروی عمومی به دوگانه‌سوز به‌صورت کاملاً رایگان با فعالیت ۳۳۰ کارگاه تبدیل در کشور انجام شد. یکی از مهم‌ترین اقدامات برای افزایش سهم سی‌ان‌جی در سبد سوخت حمل‌ونقل، امضای قرارداد تولید ۴۵ هزار خودروی عمومی کارخانه‌ای به دوگانه‌سوز به ارزش ۲۰ میلیون دلار بوده است. دولت سیزدهم در تلاش است تا با تنوع‌بخشی در سبد سوخت، مصرف بنزین را کنترل کرده و مدیریت کند.
با این حال تا زمانی که بهینه‌سازی مصرف انرژی اتفاق نیفتد، هر چقدر هم که به تولید اضافه شود، باز هم سرعت افزایش مصرف بیشتر از رشد تولید خواهد بود. در دولت سیزدهم همچنین با اجرای پروژه ملی صادرات دریایی، گاز مایع با ۹ سکو با قابلیت تخلیه همزمان در بندرعباس، صادرات دریایی گاز مایع در پایانه شهید باهنر و جلوگیری از انباشت و سوزاندن ۲ هزار تن در روز با حدود ارزش صادراتی ۳۶۵ میلیون دلار در سال برای اولین بار آغاز شد. البته دولت سیزدهم از همه روش‌های حمل‌ونقل برای توسعه ناوگان سوخت‌رسانی استفاده کرده است تا حبس فرآورده در هیچ نقطه‌ای از کشور اتفاق نیفتد و در عین حال سوخت با سرعت قابل قبولی به دست مصرف‌کنندگان برسد. از همین رو فعال‌سازی و جابه‌جایی بخش ریلی با ۳ هزار ناوگان در شرایط خاص با انتقال روزانه ۳۰ تا ۳۵ میلیون لیتر فرآورده نفتی در کشور انجام شد. علاوه بر این موارد اضافه‌شدن این شرکت به فهرست سازمان‌های توسعه‌ای، صدور خدمات فنی و مهندسی و اجرای تعمیرات اساسی پالایشگاه‌های فراسرزمینی در کشورهای حوزه کارائیب به میزان قرارداد ۱۱۰ میلیون یورویی با هدف جلوگیری از خام‌فروشی و ایجاد ارزش افزوده و بهره‌برداری از فاز دوم مرحله نخست پالایشگاه آبادان را می‌توان از خدمت‌رسانی به مردم ایران در دولت سیزدهم برشمرد.
همچنین انتقال دانش فنی توسعه و تولید کک اسفنجی مورد نیاز صنایع آلومینیوم‌سازی برای نخستین بار در جهت جلوگیری از تحریم‌های ظالمانه زیرساخت‌های صنایع کشور، خودکفایی در تولید کاتالیست‌های پرمصرف پالایشگاه‌های آبادان و امام خمینی(ره) و جلوگیری از خروج سالانه ۳۵ میلیون دلار، رشد ۶ درصدی پالایش نفت خام و میعانات گازی، راه‌اندازی واحد ایزومریزاسیون پالایشگاه لاوان با افزایش روزانه یک میلیون لیتری بنزین یورو ۴ و تحویل ۲ میلیون و ۵۰۰ هزار تن وکیوم باتوم به ارزش ۱۹۰ هزار میلیارد تومان به شرکت‌های قیرسازی از اقدامات مهم پالایش و پخش در دولت سیزدهم است. همچنین تأمین منابع سازمان هدفمندی یارانه‌ها به میزان ۱۱۰ هزار میلیارد تومان، افزایش سودآوری ۸۶ هزار میلیارد ریالی مجموعه شرکت ملی پالایش و پخش و اجرای راهکارهای «غیرقیمتی» برای مهار قاچاق بنزین به میزان ماهانه ۱۵۰ میلیون لیتر نیز انجام شده که در ایجاد تراز مثبت برای سوخت مؤثر بوده است.