در پی حمله نظامی رژیم صهیونیستی به تأسیسات هسته‌ای ایران، سایت نطنز به عنوان هدف کانونی این اقدام قرار گرفت؛ حمله‌ای که بویژه مجتمع غنی‌سازی شهید احمدی روشن (نطنز) را هدف قرار داد و منجر به وارد آمدن آسیب‌هایی به بخش‌های مختلف این مجتمع شد. با وجود این، تاکنون گزارشی مبنی بر بروز خسارات جانی در میان نیروهای مستقر در این تأسیسات دریافت نشده است. به گفته بهروز کمالوندی، سخنگوی سازمان انرژی اتمی، محمد اسلامی رئیس این سازمان نیز در زمان وقوع حادثه در نطنز حضور داشت و حادثه در سطح زمین رخ داده است. کمالوندی با بیان اینکه خوشبختانه تلفات جانی نداشتیم و هنوز برآورد دقیقی از میزان خسارات صورت نگرفته است، تأکید کرد که بیشتر آسیب‌ها سطحی بوده و بخش‌های اصلی نطنز و فردو که در زیر زمین قرار دارند، از این حمله مصون مانده‌اند. او تصریح کرد که در تأسیسات فردو هیچ‌گونه آسیبی گزارش نشده و تنها بخشی از تأسیسات سطحی نطنز دچار آسیب شده است؛ به گفته او، آلودگی‌هایی در داخل سایت گزارش شده که نیازمند پاکسازی است، اما خوشبختانه در محیط بیرونی اثری از آلودگی دیده نمی‌شود. کمالوندی همچنین افزود که هیچ آلودگی شیمیایی یا پرتویی به بیرون از تأسیسات نشت نکرده و تمامی اقدامات لازم برای کنترل شرایط در حال انجام است.
اعتراض دیپلماتیک نسبت به تهدید صلح و امنیت
در همین حال، سید عباس عراقچی وزیر امور خارجه ایران در نامه‌ای به دبیرکل سازمان ملل با محکومیت این حمله، تأکید کرد که تأسیسات نطنز به عنوان یکی از سایت‌های اصلی هسته‌ای کشور که تحت پادمان‌ها و نظارت کامل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی فعالیت می‌کند، هدف این حمله قرار گرفته و این اقدام بی‌ملاحظه نه تنها جان غیرنظامیان ایرانی را به خطر انداخته، بلکه با ایجاد احتمال یک فاجعه رادیولوژیکی، تهدیدی جدی برای صلح و امنیت منطقه‌ای و بین‌المللی ایجاد کرده است؛ او هرگونه حمله نظامی عمدی به تأسیسات هسته‌ای تحت پادمان‌های بین‌المللی را نقض آشکار حقوق بین‌الملل دانست. در ادامه، رضا نجفی، سفیر ایران در آژانس نیز در بیانیه‌ای اعتراضی با اشاره به اینکه نطنز یکی از سایت‌های اصلی هسته‌ای ایران است که تحت نظارت آژانس فعالیت می‌کند، تأکید کرد که هدف قرار دادن عمدی این تأسیسات نقض شدید قوانین بین‌المللی، منشور سازمان ملل و اساسنامه آژانس است و این اقدام نه تنها صلح و امنیت جهانی را تهدید می‌کند، بلکه نظام عدم اشاعه و اعتبار مأموریت آژانس بین‌المللی انرژی اتمی را نیز بیش از پیش تضعیف می‌سازد.

محکومیت منطقه‌ای و جهانی
در واکنش به این حمله، کشورهای منطقه و دبیرکل سازمان ملل با صدور بیانیه‌هایی این اقدام نظامی را محکوم کردند؛ روسیه با محکومیت حمله اسرائیل به ایران، به شهروندان خود هشدار داد از سفر به ایران و سرزمین‌های اشغالی خودداری کنند. «فیصل بن فرحان»، وزیر امور خارجه عربستان نیز در تماس تلفنی با عراقچی، با ابراز همدردی به مناسبت شهادت فرماندهان نظامی و سایر شهروندان ایرانی، این حمله را تجاوزکارانه و وحشیانه خواند و آن را بشدت محکوم کرد. دولت عراق نیز با محکومیت شدید این حمله، بر ضرورت اقدام فوری جامعه جهانی برای جلوگیری از نقض مکرر قوانین بین‌المللی پیش از تضعیف آنها تأکید کرد. در همین حال، آنتونیو گوترش، دبیرکل سازمان ملل نیز با ابراز نگرانی عمیق از حمله اسرائیل به تأسیسات هسته‌ای ایران بویژه در بحبوحه مذاکرات مربوط به برنامه هسته‌ای کشور از همه کشورهای عضو خواست تا به منشور سازمان ملل و اصول حقوق بین‌الملل پایبند باشند و از اقدامات تنش‌‌زا پرهیز کنند. 
رجب طیب اردوغان، رئیس‌جمهوری ترکیه، در واکنش به حمله متجاوزانه رژیم صهیونیستی به نقاط مختلف ایران قاطعانه این اقدام را محکوم کرد و هشدار داد که تل ‌آویو راهبرد کشتار و بی‌ثباتی خود را با حملات صبح امروز علیه ایران وارد مرحله‌ای تازه کرده است. او با تأکید بر اینکه این حملات تحریکی آشکار و نقض صریح قوانین بین‌المللی است، رفتار غیرمعقول و غیرقانونی بنیامین نتانیاهو، نخست‌وزیر رژیم صهیونیستی را عامل سوق دادن منطقه و جهان به سوی فاجعه دانست و از جامعه جهانی خواست تا در برابر تجاوز اسرائیل بایستد و مانع تهدید ثبات منطقه‌ای و جهانی شود.
در همین حال، ایمن الصفدی، معاون نخست‌وزیر و وزیر امور خارجه اردن، در گفت‌وگویی تلفنی با همتای ایرانی خود، حملات رژیم صهیونیستی را بشدت محکوم کرد و آن را نقض آشکار حاکمیت جمهوری اسلامی ایران به‌عنوان کشوری عضو سازمان ملل متحد و نیز تجاوزی فاحش به قوانین بین‌المللی و منشور ملل متحد خواند. نخست‌وزیر و وزیر امور خارجه قطر نیز در موضع‌گیری مشابه، با هشدار درباره اینکه رفتارهای رژیم صهیونیستی فرصت‌های صلح را نابود می‌کند، از جامعه جهانی خواست هرچه سریع‌تر در برابر این تجاوزها واکنش نشان دهد و مانع ادامه تهدیدات اسرائیل شود.
عمان، کویت، مصر، اندونزی، جمهوری آذربایجان، مالزی، امارات، ژاپن، هند، پاکستان و کره شمالی، افغانستان و یمن از دیگر کشورهایی بودند که حمله نظامی اسرائیل را محکوم کردند.