از فردای سی‌ام خرداد 1360 که سازمان مجاهدین خلق اعلام جنگ مسلحانه کرد، درگیری‌های پراکنده مسلحانه و اقدام به بمب‌گذاری و آمادگی برای ترورهای گسترده آغاز شد.
شماها هستید که مرتجعید
روز دوم تیرماه یک بمب در سالن راه آهن قم در لحظه پیاده و سوار شدن مسافران منفجر شد و 7 شهید و بیش از 50 زخمی به جای گذاشت.
روز سوم تیر با هشیاری مردم یک بمب قوی در جنب یک هنرستان دخترانه در تهران کشف و خنثی می‌شود.
روز جمعه پنجم تیر انتخابات میان دوره‌ای مجلس شورای اسلامی در 91 شهر کشور برگزار شد و حضور گسترده مردم در نمازهای جمعه در آن روز با تظاهرات و شعارهای گروه‌های مختلف مردم در مخالفت با بنی صدر و سازمان همراه بود. آیت‌الله خامنه‌ای امام جمعه تهران در سخنان خود ضمن ارائه تحلیلی از عملکرد سازمان، خطاب به سران سازمان گفت: «من سوابق و ضعف‌های آنها را می‌دانم و خود آنها می‌دانند که ما به خوبی آنها را می‌شناسیم. من می‌گویم که خودتان را در تاریخ رسوا کردید و حرف‌های (قبلی) خود را تخطئه نمودید... شما ای مجاهدین خلق! مقابله خود را با دولت و حکومت اسلامی به حساب مقابله با ارتجاع می‌گذارید. ارتجاع با منطق اسلام یا منطق کمونیسم؟ ارتجاع در منطق اسلام یعنی ارتداد و شماها هستید که مرتجعید.»
بعدها، سودابه سدیفی، مشاور بنی صدر، پس از دستگیری اعتراف کرد که پس از عزل قانونی رئیس جمهور و پنهان شدن او، بنی‌صدر به رجوی پیام داد که «باید شروع به زدن رأس‌های آنها (حاکمیت نظام جمهوری اسلامی) نمود، چاره دیگری نیست.»

آغاز پروژه حذف رهبران اصلی جریان پیرو خط امام
روز ششم تیرماه، با انفجار بمب کار گذاشته شده در ضبط صوت بزرگی که روی تریبون سخنرانی آیت‌الله خامنه‌ای در مسجد اباذر تهران قرار داده شده بود، پروژه حذف رهبران اصلی جریان پیرو خط امام توسط سازمان کلید خورد. مسجد اباذر تهران در یکی از جنوبی‌ترین مناطق واقع شده بود و آیت‌الله خامنه‌ای مدتی بود در آنجا پس از نماز ظهر و عصر، برنامه هفتگی سخنرانی و پرسش و پاسخ برگزار می‌کرد.
با انفجار بمب فشنگی، در لحظه‌ای که ایشان مقداری از ضبط دور شده بودند، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای بشدت زخمی شدند. همسر ایشان در مصاحبه‌ای می‌گوید: وقتی به بیمارستان رسیدیم ایشان را به‌ آی سی یو برده بودند و اجازه نمی‌دادند من جلو بروم. یکی از آقایان نماینده مجلس اظهار داشت که: «حق ایشان است و بگذارید جلو بروند» من جلو رفتم ایشان بیهوش بود. خونریزی خیلی شدید بود و حال ایشان به هیچ وجه خوب نبود. وقتی آمدم بیرون آقای هاشمی، آقای باهنر، حاج احمد آقا و شهید فیاض بخش و بعضی دیگر از دوستان ایشان را که چند نفرشان شب بعد از آن به شهادت رسیدند، جمع بودند. همه ناراحت بودند؛ دکترها تلاش می‌کردند که خونریزی بند بیاید، ولی ممکن نمی‌شد. دوباره ایشان را به اتاق عمل بردند. پس از پایان عمل یکی از دکترها به اتاقی که من در آن بودم آمد و گفت: «آقای خامنه‌ای بحمدالله حالشان خوب است» ترکش‌های بمبی را که از ریه‌شان بیرون آورده بودند، به من دادند. چند روزی در آی سی یو بودند و پس از آن ایشان را به بخش دیگری انتقال دادند. در چند روز اول حال ایشان نامطلوب و نگران کننده بود. با اینکه در یکی از فواصلی که حالشان اندکی بهتر بود مصاحبه هم کردند، اما بارها وضع ایشان نگران کننده شد تا اینکه بحمدالله بعد از گذشت سه هفته خطر کمی مرتفع گشت.»

عامل ترور
درباره عامل ترور اختلاف وجود داشت؛ شواهد از جمله اعلام جنگ مسلحانه و نیز گفته‌های جواد قدیری نشان از ارتباط آن با سازمان مجاهدین خلق داشت اما برگه‌ای در محل انفجار بر جای مانده بود که آن را هدیه فرقان معرفی می‌کرد. دیری نپایید که مشخص شد این ترور توسط گروهک رهروان فرقان اجرا شده است.
 پس از آنکه گروهک تروریستی فرقان در سال 59 متلاشی شد، محمد متحدی از بازماندگان اصلی آن، گروهک «رهروان فرقان» را گردهم آورد و در همان جهت‌گیری گروهک فرقان عمل کرد؛ هرچند بعدها از اسنادی یاد شد که نشان می‌داد محمد متحدی پس از اعدام اکبر گودرزی با اعضای سازمان مجاهدین خلق در تماس بوده و به سفارش آنها دست به ترور می‌زده است و از این رو در این مقطع اقدام کرده بود.
پس از عملیات 6 تیر که موجب زخمی شدن آیت‌الله خامنه‌ای شد، نیروهای دادستانی انقلاب توانستند ردپایی از گروه رهروان فرقان را در مشهد بیابند و در شهریور 1360 محمد متحدی و امیرمسعود تقی‌زاده دستگیر شدند. تقی‌زاده در بازجویی‌ها به تفصیل سخن گفت اما محمد متحدی بجز چند خط سخنی نگفت و در دادگاه نیز حاضر به دفاع از خود
 نشد.

اعتراف عامل اصلی سوءقصد
تقی‌زاده که عامل اصلی این سوءقصد بود، در اعترافاتش جزئیات ترور آیت‌الله خامنه‌ای را چنین گفت: «طرح استفاده از ضبط صوت برای عملیات از قبل توسط مهدی [محمد متحدی] مطرح شده بود، چون من برای یک خبرنگار ژاپنی کار می‌کردم، از طریق ترجمه او و چند بار برای مصاحبه مطبوعاتی پیش [شهید] بهشتی هم می‌رفتند و معمولاً خبرنگارها ضبط صوت را روی میز می‌گذاشتند... تا اینکه مطلع شدیم [آیت‌الله] خامنه‌ای در محل یک برنامه پرسش و پاسخ دارد. من روز قبل برای شناسایی مسجد رفته و فردایش با ضبط به محل رفتم. قبلاً مهدی آن را با چراغ امتحان می‌کرد و خوب عمل می‌کرد، ولی  آن روز صبحش که من چند دفعه آزمایش کردم، متوجه شدم که زیاد هم قابل اعتماد نیست و باکمی تکان از حالت معمولش بیرون می‌آید. به هر حال من ظهر به مسجد رفتم و دیدم که یک نماز به امامت خود [آیت‌الله] خامنه‌ای خوانده‌اند و نماز بعدی را هم من شرکت کردم و سپس وقتی وی برای سخنرانی به پشت میز بزرگی که قرار داشت رفت، من بعد از یکی دو دقیقه ضبط را به کار انداخته و جلوی وی گذاشتم، البته چون میز بزرگ بود، او برای برداشتن کاغذ سؤال‌ها به آن طرف و این طرف خم می‌شد، من امکان اینکه به هدف بخورد را زیاد نداشتم و دیگر اینکه چون ترس داشتم، قبل از رسیدن نوار به آخر بمب عمل کند هرچه سریع‌تر به کناری رفته و جوراب‌هایم را پوشیدم و سپس به توالت رفتم و از آنجا خارج شدم و از کوچه پشتی به میدان ابوذر که فولکس را آنجا گذاشته بودم، رفتم و از محل دور شدم.»
اگرچه آن ترور، آسیب زیادی به امام جمعه تهران زد؛ اما مانع از حضور ایشان در جلسه فردا شب حزب جمهوری اسلامی شد؛ جلسه‌ای که حتماً در آن شرکت می‌نمود و بدین ترتیب، با لطف الهی برای آینده ایران حفظ شد.