نهادهای فرهنگی در بیانیه‌هایی شهادت حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای رهبر و پیشوای مسلمانان جهان و قائد عظیم امت اسلام را تسلیت گفتند.

شورای فرهنگ عمومی
 اداره کل روابط عمومی شورای هماهنگی تبلیغات اسلامی نیز در این باره بیانیه‌ای را منتشر کرد که متن آن به شرح زیر است:
یا ایتها النفس المطمئنه ارجعی الی ربک راضیة مرضیة فادخلی فی عبادی و ادخلی جنتی
حضرت آیت‌الله العظمی امام سید علی حسینی خامنه‌ای (قدس سره‌الشریف)، رهبر و پیشوای مسلمانان جهان و قائد عظیم امت اسلام و امام آزادگان و مستضعفان جهان و اسوه جهاد و اجتهاد و استقامت، خلف صالح روح خدا و فرزند رشید حسین ابن علی در عاشورای رمضان و در حمله مشترک و سبعانه آمریکای جنایتکار و رژیم جعلی صهیونیستی به فیض عظیم شهادت رسیدند.
ملت بزرگ و متحد و بصیر و هوشیار ایران در آزمون و امتحانی سخت قرارگرفته‌اند و بی‌شک بر عهد عمیق و پیوند وثیق خود با آن امام شهید و قائد عظیم و زعیم بزرگ خود پایدارند. مردمی که از ۱۵ خرداد ۴۲ تا ۲۲ بهمن ۵۷ پا به پای امام راحل، بزرگترین انقلاب قرن را رقم زدند و در ۱۴ خرداد ۶۸ بنیانگذار انقلاب را با یک بدرقه تاریخی مشایعت کردند و در ۴۷ سال اخیر در تمام صحنه‌ها پیوند ناگسستنی امام و امت را بارها به نمایش گذاشته‌اند. اینک در سوگ امام خویش با حرکت از مساجد و حسینیه‌ها در قالب دستجات عزاداری در خیابان‌ها و میادین اصلی و تمامی نقاط کشور حضور می‌یابند.
در تهران مردم از سراسر نقاط شهر و مساجد به سمت میدان انقلاب حرکت کرده و با عزمی راسخ، تداوم راه و آرمان امام شهید و ایستادگی و پایداری بر این صراط مستقیم را فریاد 
خواهند زد.

بیانیه سازمان فرهنگ
 و ارتباطات اسلامی
در پی شهادت مظلومانه رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت امام خامنه‌ای (قدس سره‌الشریف)، امت اسلامی در سوگ فرمانده‌ای فرو رفته است که عمر شریف خود را در راه جهاد، صیانت از اسلام و ایستادگی در برابر مستکبران سپری کرد.
متن این پیام به شرح زیر است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
مِنَ الْمُؤْمِنِینَ رِجالٌ صَدَقُوا ما عاهَدُوا‌الله عَلَیهِ فَمِنْهُمْ مَنْ قَضی نَحْبَهُ وَ مِنْهُمْ مَنْ ینْتَظِرُ وَ ما بَدَّلُوا تَبْدِیلاً
انالله و اناالیه راجعون️
 رهبر معظم و عظیم‌الشأن انقلاب اسلامی، حضرت امام خامنه‌ای پس از سال‌ها مجاهدت فی سبیل‌الله و صیانت مخلصانه و داهیانه از کیان مسلمین، به دست شقی‌ترین دشمنان اسلام و بشریت به شهادت رسیدند. ایشان به تأسی از جد بزرگوارشان امیرالمؤمنین حضرت علی بن ابیطالب علیه‌السلام در ماه مبارک رمضان به دیدار معبود خویش شتافتند.
قائد کبیر امت اسلامی در حالی به فیض شهادت در راه خدا نائل گردیدند که تا آخرین لحظات عمر مبارک خویش در برابر ظلم شیاطین زمان ایستاده و سینه خود را در برابر مستکبران سپر فرمودند.
حضرت امام خامنه‌ای (قدس سره) پس از حیاتی طیبه و مملو از علم و جهاد در راه خدا و تلاش در مسیر خدمت به امت اسلامی، به دیدار حق شتافتند. ایشان جلوه‌ای گویا از صبر در برابر مصائب و تأسی به خداوند متعال بوده و با همین توکل و استقامت موجبات عبور کشور و انقلاب از گردنه‌های حساس را فراهم نمودند. سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی شهادت مظلومانه و در عین حال قهرمانانه رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت امام خامنه‌ای را به محضر پیامبر عظیم‌الشأن اسلام(ص)، خلف صالح ایشان عج، امت واحده اسلامی و آزادگان دنیا تسلیت می‌گوید.
 پیام تسلیت نماینده ولی فقیه
 در امور حج
حجت‌الاسلام والمسلمین سید عبدالفتاح نواب نیز به مناسبت شهادت رهبر معظم انقلاب اسلامی در متنی نوشت:
«بسم‌الله الرحمن الرحیم
مِنَ الْمُؤْمِنِینَ رِجَالٌ صَدَقُوا مَا عَاهَدُوا‌الله عَلَیهِ فَمِنْهُمْ مَنْ قَضَی نَحْبَهُ وَمِنْهُمْ مَنْ ینْتَظِرُ وَمَا بَدَّلُوا تَبْدِیلًا(سوره احزاب آیه 33)
رهبر انقلاب اسلامی، عالم پرهیزگار و اسوه مقاومت، حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای (قدس سره) پس از عمری مجاهدت در راه خدا و مبارزه با نظام استکبار و رژیم صهیونی به دست شقی‌ترین ظالمان عالم به فیض شهادت نائل آمد. عروج ملکوتی علمدار جبهه حق و مبارزه با شقاوت، اسوه ایمان و شجاعت، فرمانده معظم کل قوا امام خامنه‌ای(قدس سره)، امت اسلام بویژه مظلومان و جویندگان حق در سراسر جهان و ملت شهیدپرور، بزرگ و مبارز ایران را 
داغدار کرد. شهادت امام خامنه‌ای همچون جد مطهرشان حسین بن علی(ع) در مسیر مبارزه با اشقیای عالم در اوج صلابت و شکوه و با زبان روزه نشان داد که ایشان ذره‌ای شک و تردید و سستی در پیمودن مسیر حق نداشت و در این مسیر از جان و خون پاک خویش مایه گذاشت و به دیار جاودانگی و لقاء الهی شتافت. بی‌شک؛ خون رهبر شهید امت اسلام، چراغ راه باقی خواهد ماند و مسیر حق و حق‌جویی هرگز متوقف نخواهد شد و نظام استکبار بداند که با این گونه جنایت‌ها هرگز نخواهد توانست در مسیری که آن فقید مجاهد ترسیم کرد و در اراده ملت مسلمان ایران، خللی به وجود آورد. شهادت رهبر فرزانه انقلاب ثلمه‌ای عظیم و غمی جانکاه است؛ با ابراز مراتب اندوه و تسلیت خود به پیشگاه حضرت صاحب‌الزمان(عج)، مراجع عظام، امت اسلامی و ملت فداکار ایران، از خداوند متعال مسألت داریم که امام شهیدمان را غرق رحمت واسعه خود قرار دهد و با اجداد طاهرینش در بهشت برین محشور گرداند. ملت مسلمان ایران راه نورانی خلف صالح روح خدا را که بیش از ۳۷ سال رهبری داهیانه و پرچمداری واقعی جبهه اسلام را عهده‌دار بود ادامه خواهد داد که: «إِنَّ‌الله یدَافِعُ عَنِ الَّذِینَ آمَنُوا «و ان شاءالله طومار دشمنان اسلام و مسلمین برچیده خواهد شد.»

بیانیه مجمع جهانی تقریب مذاهب اسلامی در پی شهادت رهبر معظم انقلاب
مجمع جهانی تقریب مذاهب اسلامی در بیانیه‌ای شهادت مظلومانه حضرت آیت‌الله العظمی امام خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی را در پی حمله وحشیانه رژیم جعلی صهیونیستی و آمریکای جنایتکار، تسلیت گفت.