در سال ۱۸۶۳، شاه ایران امتیاز ساخت خط تلگراف را به یک شرکت بریتانیایی اعطا کرد و بعدها تلاش کرد با اعطای امتیازاتی به شهروندان روسی این تصمیم را متعادل سازد. دربار شاهی به‌زودی توسط شکارچیان امتیازهای اروپایی محاصره شد که موفق‌ترین آنها بارون یولیوس د رویتر، یک تبعه بریتانیایی بود. در سال ۱۸۷۲، ناصرالدین شاه امتیازی به رویتر اعطا کرد که احتمالاً بزرگترین امتیازی بود که تا آن زمان مذاکره شده بود. رویتر حق انحصاری ساخت تمام راه‌آهن‌ها، کانال‌ها و سدها در ایران و همچنین امتیازات وسیعی در زمینه‌های معدن‌کاری و توسعه کشاورزی را به‌دست آورد. شاه که به‌شدت به منابع مالی نیاز داشت، توسعه اقتصادی کشورش را در ازای یک هزینه اولیه نسبتاً کم و حق امتیازهای آینده واگذار کرد. اعتراضات به این امتیاز، هم در داخل ایران و هم از سوی دولت روسیه به حدی قوی بود که ناصرالدین شاه مجبور شد آن را در سال ۱۸۷۳ لغو کند. روسیه و بریتانیا به رقابت برای به‌دست آوردن امتیازهای اقتصادی از شاه ادامه دادند، بویژه در زمینه حقوق ساخت راه‌آهن. فشارهای متقابل آنها به‌قدری فعالیت‌ها را به بن‌بست کشاند که تا سال ۱۹۰۰، ایران کمتر از ۲۰ مایل (۳۲ کیلومتر) راه‌آهن عملیاتی داشت.
فساد و ناتوانی حکومت ناصرالدین شاه، در کنار سیاست گشودن دروازه‌های ایران به سود بهره‌برداری اقتصادی خارجی، جریانی از نارضایتی عمومی برانگیخت که سرانجام به شورش آشکار انجامید. در سال ۱۸۹۰، شاه امتیاز انحصاری تولید، فروش و صادرات تمام محصولات تنباکو در ایران را به شرکتی انگلیسی واگذار کرد. این تصمیم بر محصولی تأثیرگذار و محبوب در میان مردم ایران اثر گذاشت و تمامی عوامل نارضایتی عمومی را در یک رشته اعتراضات گسترده علیه این امتیاز و حکومت پدید آورد. نکته شگفت‌انگیز آن بود که این اعتراضات سازمان‌یافته و رهبری‌شده توسط علمای شیعه صورت گرفت. آنان مردم را به پیوستن فراخواندند تا کرامت اسلام را در برابر نفوذ فزاینده خارجی پاس دارند و سیاست امتیازات شاه را تخلفی آشکار از قوانین دین معرفی کردند و از جایگاه قدرت مستقل خود برای محکوم کردن دولت بهره جستند. در سال ۱۸۹۱، میرزای شیرازی فتوایی صادر و اعلام کرد که مصرف تنباکو تا زمان لغو این امتیاز حرام است. این فتوا در چهارچوب مذهب شیعه اثنی‏‌عشری بیان شد و هشدار می‌داد که هرگونه استفاده از تنباکو توهینی به امام غایب است. بدین‌سان، مجتهد از قدرت فتوای خود برای مقابله با سیاست دولت مرکزی بهره برد. مردم ایران که پیش از آن از همسویی شاه با منافع اقتصادی اروپا خشمگین بودند با پیروی از فتوا به تحریم سراسری محصولات تنباکو دست زدند. در تهران و دیگر شهرهای بزرگ، تظاهرات عظیمی علیه این امتیاز برپا شد. شاه که توان تحمیل اراده خود بر مردمی را که پشتوانه رهبران دینی خود را داشتند، نداشت، سرانجام امتیاز را در سال ۱۸۹۲ لغو کرد. برای علمای شیعه، تجربه تنباکو نشان داد که مردم ایران آمادگی پاسخگویی به فراخوان‌های سیاسی مبتنی بر چهارچوب‌های اسلامی را دارند و می‌توانند در برابر سیاست‌های استبدادی و نفوذ خارجی بسیج شوند. واپسین سال‌های حکومت ناصرالدین شاه به‌طرزی آشکار بی‌ثمر و پرآشوب گذشت. اعتراضات علیه سیاست امتیازات نه تنها به عنوان مانعی مالی، بلکه به مثابه تحقیر شخصی برای شاه جلوه می‌کرد و او را ناگزیر ساخت تا برای تأمین بودجه دولت از روسیه وام بگیرد. بدین ترتیب، ایران به جمع کشورهای بدهکار پیوست؛ همانند مصر و امپراتوری عثمانی. قتل ناصرالدین شاه در سال ۱۸۹۶، هرچند حادثه‌ای تکان‌دهنده بود، اندوه گسترده‌ای در میان مردم برنیانگیخت و بیشتر به پایان رسمی یکی از دوران‌های پرتنش و سرشار از ناکامی در تاریخ قاجار بدل شد.