با سقوط سلسله صفوی و بر سر کار آمدن حکام بدون ویژگیهای الهی، ارتباط نزدیکی که پیشتر میان اسلام شیعه و دولت وجود داشت، پایان یافت و نهاد دینی شیعه بهطور مستقل از حکومت عمل کرد. پشتیبانی گسترده مردمی که به علمای شیعه در مسائل دینی و قانونی اختیار زیادی میدادند، باعث شد که علمای دین به عنوان نیرویی قدرتمند در حمایت یا مخالفت با سیاستهای شاهان عمل کنند. تا زمان سلطنت قاجار، باور عمومی این بود که احکام مجتهدین، بیانهای معتبرتری از اراده امام غایب هستند تا اعلامیههای شاهان. بدین ترتیب، علمای دینی صدای قدرتمندی در زندگی سیاسی ایران یافتند. شاهان قاجار در تهران دربار خود را بنا کردند و خود را با تشریفات و تجملاتی احاطه کردند که به سنت دیرینه پادشاهی ایران مربوط میشد. اگرچه برخی از حکام در رفاه شخصی بسیار زندگی میکردند، اما ظاهر سلطنت استوار و قدرتمندی که به نمایش میگذاشتند، فریبدهنده بود. در چندین نوبت در طول قرن نوزدهم، شاهان قاجار تنها کنترل محدودی از تهران را به دست داشتند. در این دوره، آنها به عنوان حکامی توصیف شدهاند که «امنیت نظامی، ثبات اداری و مشروعیت ایدئولوژیک کمی داشتند.» این محدودیتها در طول سلطنت طولانی ناصرالدین شاه (1896–1848) بهوضوح نمایان شد. وقتی که ناصرالدین شاه به تخت نشست، ارتش دائم کشور به طرز غمانگیزی کوچک بود و تنها ۳۰۰۰ سرباز در آن حضور داشتند. قدرت واقعی نظامی در دست رؤسای قبیلهای بود که اغلب بیش از شاه نفرات مسلح داشتند. به دلیل ضعف نیروهای نظامی دولت، ناصرالدین شاه مجبور بود به نیروهای قبیلهای تکیه کند. هنگامی که قادر به پرداخت حقوق آنها نبود، که معمولاً چنین بود، ارتشهای قبیلهای منحل میشدند. در چنین شرایطی، رؤسای قبیلهای از درجه قابل توجهی از استقلال سیاسی و مالی برخوردار بودند. چون دولت قادر به نابود کردن آنها، همانطور که محمدعلی در مورد مملوکها یا محمود دوم در مورد یانیچریها و درهبِیها انجام داده بود، نبود، مجبور بود با بازی کردن بر سر رقابتهای میان این رؤسا برای بقای خود دست بزند. در این وضعیت، تواناییهای دولت در جمعآوری مالیات بشدت محدود بود و خزانه ناصرالدین شاه دائماً با کمبود بودجه مواجه بود. در اوایل سلطنت خود، ناصرالدین شاه برنامهای محدود برای اصلاحات نظامی آغاز کرد، از جمله افزایش اندازه ارتش دائم، معرفی روشهای جدید آموزش و تغییر در الگوی جذب نیرو. اما این اقدامات با تردید همراه بود و به دلیل ناتوانی شاه در پرداخت به سربازان جدید، شکست خورد. تنها بهبود پایدار در نیروهای مسلح در دوران سلطنت ناصرالدین شاه، ایجاد تیپ قزاق در سال ۱۸۷۹ بود. این تیپ که تحت فرماندهی افسران روسی و با سلاحهای روسی تجهیز شده بود، مؤثرترین نیروی نظامی دولت محسوب میشد. با این حال، تیپ قزاق همچنان کوچک بود (۲۰۰۰ تا ۳۰۰۰ سوار) و کنترل آن توسط افسران روسی معایب آشکاری داشت. بنابراین، ایران درگیر یک برنامه مستمر اصلاحات نظامی الهامگرفته از اروپا نشد، برخلاف آنچه که در مصر و امپراطوری عثمانی تولید شد.
