پس از فتح خرمشهر در ادامه‌ اتخاذ استراتژی تنبیه متجاوز، جمهوری اسلامی ایران تلاش زیادی برای تجدید روند پیروزی‌های نظامی در سال ۱۳۶۱ به عمل آورد اما به دلایلی این امر امکان‌پذیرنشد، گرچه بعد از عملیات رمضان و تا اواخر سال ۱۳۶۲ ابتکار عمل در دست جبهه خودی بود ولی موفقیت چشمگیری هم به دست نیامد. برای گریز از این بن‌بست محسن رضایی، شهید علی هاشمی را به فرماندهی قرارگاه سری «نصرت» منصوب کرد. این قرارگاه طراحی عملیات خیبر را پس از انجام یک پروسه اطلاعاتی دقیق به فرماندهان ارائه کرد. هر بار که علی هاشمی نتیجه شناسایی‌ها در هورالهویزه را می‌داد، محسن رضایی امیدوارتر می‌شد. رضایی از قرارگاه نصرت، نه به فرماندهانش چیزی گفته بود و نه به ‌هاشمی‌رفسنجانی، فرمانده جنگ. اولین بار که از نتیجه شناسایی‌ها کاملاً مطمئن شد، به حضرت امام اطلاع داد. امام هم وقتی رسیدن به دجله را در هدفگذاری او دید، خوشحال شد. طرح عملیات خیبر بعد از آزادسازی خرمشهر اهمیت بسیاری داشت و می‌توانست تأثیری جدی در روند جنگ داشته باشد.
عملیات خیبر اولین تجربه اکبر هاشمی‌رفسنجانی در فرماندهی جنگ بود. او قبل از آمدنش به جبهه به امام قول داده بود تا با یک پیروزی به تهران برگردد. هاشمی رفسنجانی در روزنوشت ۳ اسفند ۱۳۶۲ می‌نویسد: «ساعت چهار بعدازظهر به قرارگاه برگشتیم. دو ساعت قبل از شروع عملیات خیبر، با دو قرارگاه تاکتیکی مذاکره کردم و کارها را بررسی نمودم. ساعت شروع عملیات، شش‌ونیم بعدازظهر است. قرارگاه نجف اطلاع داد که گروه پیش‌رو ـ سی قایق ـ که دیروز اعزام شدند، به نقطه‌های تعیین‌شده رسیده و گزارش داده‌اند. وضع عادی و دشمن غافل است. مغرب به قرارگاه اطلاع دادم که عملیات را شروع کنند و منتظر مراسم رسمی پخش دستور قرارگاه مرکزی نباشند.»
عملیات خیبر با رمز «یا رسول‌الله(ص)» در ۳ اسفند ۱۳۶۲با همکاری ۹ لشکر و ۶ تیپ پیاده به اضافه ۳ تیپ زرهی از یگان‌های عملیاتی سپاه پاسداران و ۵ لشکر از ارتش‌ در دو منطقه مستقل «هورالهویزه» و «زید» با هدف تصرف بصره شروع شد. در شب و روز اول عملیات در محور شمالی نیروهای به جاده العماره- بصره رسیدند. در محور زید نیروها نتوانستند از موانع عبور کنند و عملیات، در آن محور زود متوقف شد اما موفقیت در محور شمالی امیدوار کننده بود. در مرحله بعد گروهی از نیروها می‌بایست از میان هور به جزایر مجنون حمله می‌کردند و باقی از طلاییه که یگانه راه خشکی منطقه شمالی عملیات بود. عملیات در این محور یک روز به تأخیر افتاده بود، اما نیروهای هور از این تأخیر باخبر نشدند و خود را به جزیره جنوبی رساندند. حالا باید نیروهای طلاییه از آنها حمایت می‌کردند که آنها نبودند. شرایط سختی برای نیروهایی که در جزیره جنوبی بودند پیش آمد. پس نیروهای محور طلاییه را مجبور کردند به جای شب در روز حرکت کنند و خود را به آنها برسانند. عراقی‌ها هر چه نیرو و آتش در توان داشتند بر طلاییه متمرکز کردند تا این گروه به جزیره جنوبی نرسند. محمد ابراهیم همت، فرمانده محبوب لشکر ۲۷ محمد رسول‌الله شهید شد و حسین خرازی فرمانده لشکر ۱۴ امام حسین را با دست قطع شده و بدنی پر از ترکش از صحنه نبرد بیرون بردند. همزمان با نبرد طلاییه، عراقی‌ها به چهار گردان خط شکن از لشکر ۸ نجف اشرف و ۳۱ عاشورا حمله کردند. شهادت مظلومانه نیروهای این چهار گردان سخت‌ترین لحظات خیبر و فرماندهانشان در قرارگاه بود. حمید باکری معاون لشکر ۳۱ عاشورا هم در جزیره شهید شد.
بعدازظهر ۱۴ اسفند از دفتر فرماندهی کل قوا (امام خمینی) به فرماندهان جنگ خبر دادند امام فرموده‌اند جزایر حتماً باید نگه داشته شود. انگار همه چیز از نو شروع شده باشد، روحیه رزمنده‌ها متحول شد و قدرت تهاجمی‌شان چند برابر. فرمانده سپاه به فرماندهان جنگ گفت از جزایر بیرون نمی‌رویم، حتی اگر سازمان سپاه از بین برود.. در نتیجه حفظ جزایر هدف اصلی رزمنده‌ها و فرماندهان بود. بسیاری از فرماندهان قرارگاه هم سلاح به دست گرفتند و به خط مقدم رفتند تا همراه بسیجی‌ها از جزایر دفاع کنند. این عملیات نهایتاً پس از ۱۹ روز نبرد خونین، ۲۲ اسفند ۱۳۶۲ با اشغال جزیره مجنون توسط نیروهای ایرانی به‌پایان رسید. در مرحله اول قرارگاه‌های نجف، نصر و حدید موفق می‌شوند محور الغدیر و القرنه را تصرف کنند و جاده بغداد ـ بصره را به اشغال خود درآورند اما در جزایر مجنون پاکسازی به طول می‌انجامد و عمل الحاق در محور طلائیه صورت نمی‌گیرد. عملیات خیبر تأثیر بسزایی در روند جنگ داشت. از نظر نظامی، ورود قوای ایران به خاک عراق یک تحول جدید به حساب می‌آمد زیرا جزایر مجنون یکی از مناطق استراتژیک به شمار می‌رفت. ابتکار جدید ایران در عملیات خیبر دور از ذهن نظامیان و کارشناسان نظامی بود و این نگرانی آمریکا را دو چندان می‌کرد. در این عملیات فرماندهان بزرگی چون حسین خرازی، ابراهیم همت، احمد کاظمی، مهدی باکری، حمید باکری، مهدی زین‌الدین، کاظم رستگار، کریم نصر به همراه انبوه رزمندگان دلاور قوای دشمن را ده‌ها بار تا آستانه شکست کامل بردند. برخی از این دلاوران همچون شهید حسین خرازی در این عملیات مجروح شدند و سردارانی همانند حاج ابراهیم همت، حمید باکری، اکبر زجاجی، مرتضی یاغچیان (معاون لشکر عاشورا)، حسن نمازی (فرمانده توپخانه قرارگاه کربلا) و بهروز غلامی (فرمانده تیپ امام حسن ع)، همچنین ۷ فرمانده گردان و ۱۸۰۰ نفر از رزمندگان به شهادت رسیدند و حدود ۱۵ هزار نفر نیز مجروح شدند.