پاپ طی یک سفر تاریخی در اسفند 99 به عراق سفر کرد و در نجف اشرف با آیت‌الله سیستانی مرجع عالی اکثریت ملت عراق در منزل ایشان دیدار کرد. این ملاقات که نزدیک یک ساعت طول کشید، در سطح منطقه وجهان بازتاب گسترده‌ای پیدا کرد و این‌گونه تفسیر شد دیدار رهبر کاتولیک‌های جهان با مرجع عالیقدر شیعه در عراق به معنای تشکر از فتوای آیت‌الله سیستانی درباره جهاد کفایی ضد تروریسم است که عراق، مسیحیان این کشور و جهان را از نفوذ ایدئولوژی تروریستی که همه جهان را تهدید می‌کند نجات داد.
این دیدار که در نوع خود بی‌نظیر و نقطه عطفی در تاریخ روابط اسلام و مسیحیت و بویژه اسلام شیعی و مسیحیت کاتولیک بود، اهدافی همچون تقدیر از نقش سازنده مرجعیت شیعه در حمایت از اقلیت‌های دینی و مخصوصاً مسیحیان و به رسمیت شناختن عملی اسلام شیعی در کنار اسلام سنی را که از سال‌ها قبل ارتباط و گفت‌و‌گوهای زیادی با واتیکان داشته است، تأمین کرد. در آن مقطع دفتر آیت‌الله سیستانی به دنبال دیدار ایشان با پاپ فرانسیس در بیانیه‌ای به جزئیات آن پرداخت. در آن بیانیه آمد: آیت‌الله سیستانی در این دیدار به رنجی که کشورهای مختلف دنیا با آن روبه‌رو هستند و ظلم و فقر و ستم دینی و فکری که از آن رنج می‌برند، پرداخت و از نبود عدالت اجتماعی سخن گفت. ایشان به آنچه ملت منطقه از جنگ و اقدامات خشونت‌آمیز و محاصره اقتصادی و آوارگی متحمل می‌شوند بویژه ملت فلسطین در سرزمین‌های اشغالی اشاره کرد.   آیت‌الله سیستانی بر اهمیت تشدید تلاش‌ها برای تثبیت ارزش‌های مسالمت‌آمیز و همبستگی میان بشریت در همه جوامع تأکید کرد و ضرورت احترام متقابل میان پیروان همه ادیان را مورد تأکید قرار داد. در این بیانیه همچنین به نقشی که مرجعیت دینی در حمایت از مسیحیان و کسانی که مورد ظلم و ستم طی سالیان گذشته قرار گرفته‌اند اشاره شد بویژه در دوره‌ای که تروریست‌ها بر بخش زیادی از استان‌های عراق مسلط بودند و مرتکب اقداماتی جنایتکارانه شدند، پرداخته شد.  واتیکان نیز به نوبه خود و به مناسبت این دیدار میان مرجعیت اعلاى عراق با پاپ فرانسیس بیانیه‌اى صادر کرد. در بیانیه نهاد عالی کاتولیک‌های جهان آمد:  در این دیدار پاپ   از آیت‌الله سیستانى به خاطر اینکه در برابر خشونت و سختى‌هاى بزرگ در سال‌هاى اخیر در دفاع از ضعفا و افرادى که بیشترین آزارها را دیده‌اند، ندا سر داده، تشکر کرد و بر مقدس بودن حیات بشریت و اهمیت اتحاد میان ملت عراق تأکید کرد.

تسلیت آیت الله سیستانی
دفتر آیت‌الله العظمی سید علی سیستانی در بیانیه‌ای با ابراز تأسف عمیق از درگذشت پاپ فرانسیس، به پیروان کلیسای کاتولیک در جهان، این مصیبت را تسلیت گفت. در این بیانیه آمده است: پاپ فرانسیس به دلیل ایفای نقش متمایز در جهت صلح و مسامحه و ابراز همبستگی با ستمدیدگان و مظلومان سراسر جهان، از جایگاه معنوی بالایی در میان بسیاری از ملت‌ها برخوردار و مورد احترام همه بود. در این بیانیه همچنین آمده است: دیدار تاریخی بین پاپ فرانسیس با آیت‌الله سیستانی در نجف اشرف، دارای جایگاه پراهمیتی برای تأکید دو طرف بر نقش اساسی ایمان بود.