با اینکه بسیاری از محققان با اشاره به ورود اقوام مختلف،  انتظار تغییرات ژنتیکی ایرانی‌ها را داشتند اما مطالعات منتشر شده در نشریه PLOS Genetics این موضوع را تأیید نمی‌کند. طبق این مطالعه که یکی از جامع‌ترین مطالعات ژنتیکی درباره جمعیت ایران محسوب می‌شود، برخلاف بقیه نقاط دنیا که ورود اقوام مهاجر، تغییرات ژنتیکی مردم این مناطق را به دنبال داشته، اما در ایران بیشتر جمعیت به‌صورت بومی باقی مانده‌اند.در این مطالعه، پژوهشگران ایرانی و آلمانی داده‌های ژنومی بیش از ۱۰۰۰ نفر از ۱۱ گروه قومی ساکن ایران را تجزیه و تحلیل کردند و با مقایسه این داده‌ها با نمونه‌های DNA باستانی دوره‌های نوسنگی، عصر برنز و آهن، دریافتند که بسیاری از جمعیت‌های متعلق به خوشه مرکزی ایران در حداقل 5هزار سال گذشته تغییر ژنتیکی گسترده‌ای نداشته‌اند و در ایران بیشتر جمعیت‌ها به‌صورت بومی باقی مانده‌اند.درواقع نتیجه این تحقیقات نشان داد جمعیت ایران با وجود همه این مهاجرت‌ها، از نظر ژنتیکی ریشه‌های مشترکی دارند. در این تحقیق، ۱۱ جمعیت ایرانی عمده از جمله فارس‌ها، آذری‌ها، کردها، گیلک‌ها، مازندرانی‌ها، لرها، عرب‌ها، بلوچ‌ها، ترکمن‌ها، سیستانی‌ها و جزیره‌نشینان خلیج‌فارس مورد پژوهش قرار گرفتند و نتیجه نشان داد با اینکه ایران از دیرباز محل تلاقی نژادها، فرهنگ‌ها و زبان‌ها بوده اما هویت ژنتیکی جمعیت خود را تا حد زیادی حفظ کرده است.
این پژوهش ژنتیکی گسترده نشان داد بیشتر ایرانیان به یک ساختار ژنتیکی مشترک به نام «خوشه مرکزی ایران» تعلق دارند؛ این خوشه گروه‌هایی مانند فارس‌ها، آذری‌ها، کردها، گیلک‌ها، مازندرانی‌ها، لرها و حتی عرب‌ها و زرتشتیان را شامل می‌شود.
پژوهشگران با مقایسه این داده‌ها با نمونه‌های دی‌ان‌ای باستانی دوره‌های نوسنگی، عصر برنز و آهن، دریافته‌اند که بسیاری از جمعیت‌های متعلق به خوشه مرکزی ایران طی دست‌کم ۵۰۰۰ سال گذشته تغییر ژنتیکی گسترده‌ای نداشته‌اند. برخلاف سایر نقاط جهان که ورود اقوام مهاجر باعث جایگزینی ژنتیکی شده است، در ایران بیشتر جمعیت‌ها به‌صورت بومی باقی مانده‌اند. برای مثال، تأثیر مهاجرت اقوام استپی و کشاورزان نوسنگی بر گروه‌های خوشه مرکزی ایران بسیار اندک گزارش شده است.
البته این اولین‌بار نیست که پژوهش‌هایی برای اثبات بومی بودن جمعیت ایران و عدم تغییر ژنتیکی گسترده مردم آن انجام می‌شود. حدود 3 سال قبل نیز یک تیم تحقیقاتی بین‌المللی شامل دانشمندان دانشگاه کلن آلمان و پژوهشگران دانشگاه‌های متعددی در تهران و دانشگاه سیدنی استرالیا روی این موضوع تحقیقاتی انجام دادند.
محققان داده‌های ژنتیکی ۱۰۲۱ داوطلب را تحلیل کردند که در آنها والدین و پدربزرگ‌ها و مادربزرگ‌ها خود را متعلق به یکی از ۱۱ قوم ایرانی از پارس و آذری گرفته تا گروه‌های کوچک‌تری مثل عرب و بلوچ و گیلکی و کرد دانستند. این داوطلبان از سراسر ایران نمونه‌گیری شدند و نتایج نشان داد با وجود تنوع درون‌گروهی اقوام ایرانی، کل این استخر ژنی در طول لااقل ۵ هزار سال پیش تاکنون، بدون تغییر باقی مانده است.