فصل پیش جواد نکونام با علی خطیر اختلافات دامنه‌داری داشت و در طول فصل پیوسته علیه مدیریت باشگاه مصاحبه می‌کرد تا اینکه سرانجام با انتقال مالکیت استقلال اختلاف‌ها فروکش کرد و اوضاع با حضور مدیران جدید آرام شد. از همان زمان که باشگاه استقلال به افراد دیگری واگذار شد، انتظار بود که دیگرشاهد بروز اختلافات عجیب و غریب میان سرمربی و مدیریت نباشیم اما اظهارات جواد نکونام بعد از برتری مقابل الغرافه قطر نشان داد که موج تازه‌ای از این اختلافات میان سرمربی استقلال و مدیران آغاز شده است. نکونام که تا 10 روز قبل از بازی با الغرافه تا آستانه برکناری نیز پیش رفته بود، حالا با کسب پیروزی مقابل رقیب قطری و صدرنشینی در جدول لیگ نخبگان به فکر انتقاد از مدیران افتاده است. نکونام در نقد عملکرد مدیران استقلال این جملات را به زبان آورده است: «ما اول از همه این مشکل را داریم که بیرون از تیم هنوز کامل نیستیم و باید بیرون از تیم را درست کنیم. مدیر رسانه‌ای، عکاس و فیلمبردار نداریم. من بچه نیستم و این را می‌گویم که هواداران بدانند. آنها مالک و صاحب اصلی این باشگاه هستند. من از اول فصل کمک‌مربی خارجی و بدنساز خارجی می‌خواستم که نیاوردند. حتی اگر یک نفر هم به تیمم اضافه نشود مشکلی ندارم، اما بیرون از تیم و از نظر پشتیبانی مشکل داریم.» نکونام ادامه داد: «ما کلاً حدود ۴۳ نفر هستیم و بیرون از تیم مشکل داریم. با سمیعی و شهریاری هم صحبت کرده‌ام و امیدوارم مشکلات حل شود. من مشکلی با کار کردن ندارم و فقط می‌خواهم شرایط را برای من فراهم کنند و سپس انتظار داشته باشند. زشت است دستیار و مربی خارجی بخواهم و نیاورند. من با همین بازیکنان کار می‌کنم و مشکلی ندارم. اگر باشگاه بتواند می‌گوییم بازیکن جذب شود، اما در بیرون آشفته هستیم و هنوز کمی کار داریم.»
سرمربی استقلال در شرایطی به انتقاد از مدیریت پرداخته که احمد شهریاری، رئیس هیأت مدیره باشگاه استقلال برکناری این مربی از سمتش را تکذیب کرده است. احمد شهریاری، رئیس هیأت مدیره باشگاه استقلال درباره اینکه آیا ممکن است با مربیان جدید مذاکره شود و شایعات پیرامون برکناری نکونام در هفته‌های اخیر  صحت داشته یا خیر، این توضیحات را داده است: «چه کسی با سرمربی خارجی صحبت کرده است؟! هرکس صحبت کرده خودش جواب بدهد.» شهریاری درعین حال ابراز امیدواری کرده که با اضافه شدن یک دستیار خارجی به کادر فنی استقلال اوضاع بهتر شود. البته نکونام درباره استخدام دستیار خارجی خود همواره معتقد بوده که نام فرد مورد نظر را به باشگاه اعلام کرده، اما تا امروز اقدامی از سوی سران باشگاه استقلال بابت حضور مربی جدید نشده است.