در پی شهادت مجاهد بزرگ آقای اسماعیل هنیه، رئیس دفتر سیاسی حماس، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی ضمن تسلیت شهادت این رهبر شجاع و مجاهد برجسته به امت اسلامی و جبهه مقاومت و ملت سرافراز فلسطین تأکید کردند: رژیم صهیونی جنایتکار و تروریست با این اقدام زمینه مجازات سختی را برای خود فراهم ساخت و خونخواهی او را که در حریم جمهوری اسلامی ایران به شهادت رسید، وظیفه خود می‌دانیم. متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
ملت عزیز ایران! رهبر شجاع و مجاهد برجسته فلسطینی جناب آقای اسماعیل هنیه در سحرگاه دیشب به لقاء‌الله پیوست و جبهه عظیم مقاومت عزادار شد. رژیم صهیونی جنایتکار و تروریست، میهمان عزیز ما را در خانه ما به شهادت رسانید و ما را داغدار کرد، ولی زمینه مجازاتی سخت برای خود را نیز فراهم ساخت. شهید هنیه سال‌ها جان گرامی‌اش را در میدان مبارزه‌ای شرافتمندانه بر سردست گرفته و آماده شهادت بود و فرزندان و کسان خود را در این راه تقدیم کرده بود. او از شهید شدن در راه خدا و نجات بندگان خدا باک نداشت، ولی ما در این حادثه تلخ و سخت که در حریم جمهوری اسلامی اتفاق افتاده است، خونخواهی او را وظیفه خود می‌دانیم.  
اینجانب به امت اسلامی، به جبهه مقاومت، به ملت شجاع و سرافراز فلسطین و بالخصوص به خاندان و بازماندگان شهید هنیه و یکی از همراهانش که با وی به شهادت رسیده است، تسلیت عرض می‌کنم و علوّ درجات آنان را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.
سیدعلی خامنه‌ای
۱۰ مرداد ۱۴۰۳ مصادف با ۲۵ محرم ۱۴۴۶