بهره‌برداری از ۳۵۰ کیلومتر ریل و آغاز ساخت و تکمیل خطوط ریلی مانند شلمچه - بصره و رشت - بندر کاسپین برای اتصال ایران به مسیرهای ترانزیتی بخشی از دستاورهای دولت سیزدهم در توسعه حمل و نقل ریلی است.
دولت شهیدجمهور آیت‌الله رئیسی در سه سال خدمت در حوزه حمل‌و‌نقل و توسعه ناوگان و زیرساخت‌های آن پیشرفت‌های قابل‌توجهی داشت، به‌طوری که در این مدت برخی از خطوط راه‌آهن که سال‌ها از اجرای آن می‌گذشت، به سرانجام رسید.
 
توسعه شبکه سراسری
در دولت سیزدهم بیش از ۴۵۰ کیلومتر خطوط اصلی ریلی مانند راه‌آهن خاش - زاهدان، همدان - سنندج و بستان‌آباد - خاوران (خط دوم تهران - تبریز)، یزد – اقلید و خطوط فرعی دیگری به بهره‌برداری رسید تا بهره‌برداری از خطوط اصلی ریلی در این دولت نسبت به قبل افزایش بیش از ۱۹۰ درصدی را ثبت کند. از شاخص‌ترین اقدامات انجام شده در حوزه ریلی در بیش از یک‌هزار روز خدمت دولت سیزدهم می‌توان به بهره‌برداری از راه‌آهن خاش - زاهدان، به‌طول ۱۵۴ کیلومتر به ارزش ۱۳ همت، بهره‌برداری از خط دوم راه‌آهن بافق - زرین شهر به طول ۶۲ کیلومتر به ارزش ۳ همت، احداث و بهره‌برداری از راه‌آهن همدان - سنندج، به‌طول ۱۵۱ کیلومتر به ارزش ۱۵ همت، احداث و بهره‌برداری از راه‌آهن بستان‌آباد - خاوران به‌طول ۴۴ کیلومتر به ارزش ۷ همت و احداث و بهره‌برداری از خط دوم اهواز - اندیمشک حد فاصل شوش - بامدژ، به طول ۷۰ کیلومتر به ارزش روز ۴ همت اشاره کرد.
علاوه بر این متروی شهر جدید پرند به طول ۱۹ کیلومتر (رفت و برگشت) با اعتباری بیش از ۲.۲ همت تکمیل شد و در دولت سیزدهم به بهره‌برداری رسید.
همچنین نوسازی و توسعه ۳ هزار و ۹۴۱ دستگاه ناوگان ریلی از ابتدای دولت سیزدهم انجام شد. بر‌اساس آمار‌های رسمی، فقط در سال گذشته ۱۱۰۳ دستگاه واگن باری جدید، هفت دستگاه واگن مسافری و خود کشش جدید و ۲۳ دستگاه واگن مسافری بازسازی شده، به ناوگان ریلی کشور اضافه شد. در روزهای پایانی خدمت دولت سیزدهم، فاز نخست تونل زیرزمینی ایستگاه راه‌آهن تهران افتتاح شد.
عملیات احداث تونل زیرزمینی که در عمق بیش از ۸ متر از زیر خطوط ایستگاه راه‌آهن تهران حفر شده است و دسترسی خطوط و سکوهای مختلف ایستگاه را به سالن مربوط به قطارهای حومه‌ای و مترو فراهم می‌کند، از سال ۱۳۹۷ متوقف شده بود و پس از حدود ۳ سال، مجدداً از سال ۱۴۰۰ فعال شد و فاز نخست آن با پیگیری‌های انجام شده و تخصیص منابع در دولت سیزدهم به بهره‌برداری رسیده است.
 
تکمیل راه‌آهن تهران - کربلا
با تأکید رئیس‌جمهور شهید ساخت و تکمیل خطوط ریلی ترانزیتی در دستور کار قرار گرفت. خط ریلی شلمچه - بصره یکی از مهم‌ترین خطوطی است که در حمل بار و مسافر (خط ریلی کربلا) ایفای نقش می‌کند، ساخت این خط پس از ۲۰ سال در دولت سیزدهم آغاز شد. بر‌اساس این گزارش، راه‌اندازی خط ریلی شلمچه - بصره از سال گذشته مطرح بود اما هیچ‌گاه به مرحله اجرایی نرسید. مطالعات نهایی و عملیات اجرایی پروژه ریلی شلمچه - بصره با مذاکرات دولت با دولت عراق از سال ۱۴۰۱ شروع شد. مسیر ریلی شلمچه - بصره، حلقه مفقوده راه‌آهن تهران تا کربلا است.
مهرداد بذرپاش، وزیر راه و شهرسازی با اشاره به آغاز عملیات اجرایی خط ریلی شلمچه - بصره اظهار کرده که «سعی می‌کنیم ظرف مدت یک و نیم تا دو سال این پروژه را به سرانجام برسانیم. از طریق این پروژه، پروژه اتصال به نجف اشرف و بعد اتصال به کربلای معلی اجرا می‌شود.»
 
تکمیل راه‌آهن رشت - بندر کاسپین
تکمیل ۶ مسیر ریلی و شروع عملیات اجرایی مسیر مهم و راهبردی رشت - آستارا در دولت سیزدهم شروع شد.
رئیس‌جمهور شهید، تکمیل کریدورهای مهمی مانند ریل چابهار، شلمچه - بصره و قطعه پایانی کریدور شمال - جنوب را مورد تأکید قرار داد و در مدت 3 سال، احداث کریدور شلمچه - بصره شروع شد، ریل چابهار - زاهدان به پیشرفت 63 درصدی رسید و کریدور ریلی رشت - بندر کاسپین آماده بهره‌برداری است. این خط ریلی بخش مهمی از کریدور شمال - جنوب است که خلیج فارس را به دریای خزر متصل می‌کند.
عملیات اجرایی پروژه راه‌آهن رشت - کاسپین در سال ۱۳۸۵ کلید خورد، اما از سال ۸۵ تا ۹۸ فقط سه درصد پیشرفت داشت و عمده کار آن از سال ۹۸ آغاز شده و اکنون تکمیل شده است. خط ریلی رشت - کاسپین امکان ترانزیت، حمل و نقل بار به صورت ترکیبی از کشور روسیه و همچنین کشورهای همجوار دریای خزر را فراهم می‌کند و با بهره‌برداری از خط ریلی رشت - بندر کاسپین در ماه‌های آینده، ظرفیت جدیدی برای نقش‌آفرینی در حمل ترکیبی (زمینی - دریایی) کالا در کریدور شمال به جنوب ایجاد می‌شود.