روز گذشته و در پی شهادت خادم آستان قدس رضوی و ملت شریف ایران، رئیس جمهور سیدابراهیم رئیسی، مراجع عظام تقلید و علما در قم و نجف اشرف، با صدور پیام‌های جداگانه‌ای این ضایعه را به مقام معظم رهبری، ملت ایران و خانواده ایشان تسلیت گفتند.
آیت‌الله جوادی آملی با اشاره به اینکه «سانحه سنگین و رخداد تلخ ارتحال شهادت‌گونه رئیس محترم جمهور و امام جمعه گرامی تبریز و وزیر امور خارجه ارجمند و سایر همراهان موجب تألم شد» اظهار کرد: «این مصیبت را به رهبر معظم انقلاب و ملت بزرگ ایران و بازماندگان تسلیت و مغفرت و اجر شهادت را برای سالکان به مقصد رسیده و خادمان به شهود مقصود بار یافته، خواهان و استواری ایران اسلامی را از خدای سبحان مسألت دارم.»
آیت‌الله سیستانی نیز در پیام خود با اعلام تأسف از حادثه سقوط بالگرد، این ضایعه دردناک را به ملت و مسئولان ایران تسلیت گفت و برای خانواده‌های داغدار آرزوی صبر کرد.
در پیام تسلیت آیت‌الله مکارم شیرازی، نیز آمده است: «ایشان در سال‌های طولانی و در عرصه‌های مختلف، خادم مردم و مکتب اهل بیت(علیهم السلام) بود و در ادای وظیفه و خدمت کوتاهی ننمود. وی نمونه بارزی از مسئول متعهد و مخلص انقلابی بود و مواضع آگاهانه و توأم با حریت او در سراسر جهان مایه عزت و سربلندی امت اسلام گردید و مردم شریف ایران و بسیاری از مظلومان عالم او را هرگز از یاد نخواهند برد.» آیت‌الله نوری همدانی هم، شهید رئیسی را «از خدمتگزاران مخلص» توصیف و تأکید کرد: «مرحوم شهید حجت‌الاسلام والمسلمین رئیسی (رضوان‌الله علیه) تمام عمر را با اخلاص و دیانت و تواضع صرف خدمت به مردم و انقلاب نمود و در این مسیر فردی خستگی‌ناپذیر بود و در همه عرصه‌ها چه در دستگاه قضا و چه در دوران ریاست قوه مجریه صادقانه عمل نمود و آنچه بنده از ابتدای آشنایی در سال‌ ۵۴ تا به امروز در او دیدم و شهادت می‌دهم، این است که رضای خدا را در همه امور در نظر می‌گرفت و معتقدم شهادت او پاداش این خدمات خالصانه بوده است.» آیت‌الله سبحانی، شهادت رئیس جمهور را «ضایعه جانگداز» خواند و گفت: «آن عزیز از دست رفته انسانی فداکار و پرتلاش بود که به شهادت همگان وقت خود را در دوران ریاست جمهوری بر حل مشکلات اقتصادی و سیاسی وقف نمود.» آیت‌الله شبیری زنجانی هم با ابراز تأسف شدید از درگذشت تأثربار رئیس جمهور محترم و پرتلاش، تأکید کرد که «بی‌تردید تلاش در خدمت به مردم و خدمتگزاری به آستان قدسی حضرت امام علی بن موسی الرضا (علیه الصلوة والسلام)، اجری عظیم در پیشگاه خداوند متعال دارد.»  همچنین آیت‌الله مظاهری در پیام خود نوشت: «رئیس محترم جمهور، شخصیتی متواضع و مردمی و پرکار بود که همواره شوق خدمت به ملت را داشت و در این مسیر، تمام توان خود را مصروف نمود و ان‌شاءالله تعالی این تلاش صادقانه و صمیمانه در کارنامه ایشان در پیشگاه خداوند متعال و اولیاء حق«علیهم‌السلام» به نحو احسن، مورد قبول و عنایت واقع گردد.» جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز در پیام خود دکتر رئیسی را «رئیس جمهور مردمی و خدوم» توصیف و تأکید کرد: «رئیس جمهور محبوب ما در سال‌های خدمت در نظام اسلامی در شمار برجستگان تدین و عمل انقلابی بود و در همراهی و همدردی با مردم و تبعیت از فرامین رهبری از هیچ تلاشی فرو‌گذار نکرد.» آیت‌الله محمود رجبی، رئیس مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره)، آیت‌الله علیرضا اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه، آیت‌الله سیدمحمد سعیدی تولیت حرم حضرت معصومه(س)، حجت‌الاسلام والمسلمین سید صدرالدین قبانچی امام جمعه شهر نجف اشرف و آیت‌الله مرتضی مقتدایی از مدرسان حوزه علمیه قم و بسیاری از علمای دینی ساکن ایران و عراق از دیگر چهره‌ها و شخصیت‌هایی بودند که با صدور پیام‌های جداگانه‌ای، شهادت رئیس‌جمهور، وزیر امور خارجه، نماینده ولی‌فقیه و استاندار آذربایجان شرقی را تسلیت گفتند.