امروزه بسیاری از شبهات دینی ما ناشی از تحقیقات «علوم‌شناختی دین» است. از این‌رو، شناخت دقیق این علم برای محققان و پژوهشگران ما یک ضرورت است تا بتوانیم از طریق تعمق و مداقه در آن، ابزارهایی برای تقویت باورهای دینی در جامعه فراهم کنیم.
1.«علوم‌شناختی دین» از شاخه‌های علوم‌شناختی (Cognitive Sciences) است و علوم‌شناختی به مجموعه‌ مطالعاتی درباره ذهن گفته می‌شود که نمودهای آگاهی و هوشمندی انسان همچون استدلال، احساس، تفکر، ادراک، حافظه و... را بررسی می‌کند. در واقع این علم، فرایندهایی را مورد مطالعه قرار می‌دهد که به‌صورت ناآگاهانه اما به نحو شناختی تحقق می‌یابد. از این‌رو، علوم‌شناختی به‌دنبال یافتن پاسخی برای این دست از پرسش‌هاست: ذهن چیست؟ چه تفاوتی با مغز دارد؟ فعالیت ذهن چگونه است؟ عادات و رفتار ما در شکل‌دهی به فرایندهای ذهنی چه سهمی دارند؟ و... . اما «علوم‌شناختی دین» به ابعادی از مطالعات ذهن می‌پردازد که به پدیده‌های دینی مربوط می‌شود.
2. علوم‌شناختی مبتنی‌بر علوم‌تجربی است و علوم‌تجربی هم متکی به نگاه فیزیکالیستی به انسان است و این رویکرد فیزیکالیستی از مهم‌ترین خاستگاه‌های الحاد به‌شمار می‌رود. چرا که هر چیزی خارج از ساحت فیزیکال را به‌عنوان نیستی و توهم تشخیص می‌دهد و فقط آنچه را قابل ارزش و اعتنا می‌داند که توسط علم فیزیک امکان بررسی داشته باشد. از همین‌رو است که برخی مباحث علوم‌شناختی دین می‌تواند پیروان ادیان را در باور به معاد دچار تردید کند.
تمدن غربی مدت‌هاست که نقش دین در هدایت بشر را نادیده گرفته است. چرا که تمدن غربی با تأکید بر علوم‌تجربی به یافته‌های بسیاری در علوم‌شناختی دست یافته است که بخشی از آنها برای دین و دینداران چالش ایجاد می‌کند.
3. ارتباطات ناگزیر تمدن اسلامی با تمدن غربی می‌تواند زمینه‌‌های ورود نگرش فیزیکال به انسان و چالش‌هایی را که به دنبال دارد به قلمرو تمدن اسلامی فراهم کند. برای اینکه بتوانیم از این چالش گذر کنیم باید با تمدن غربی و آورده‌هایش «مواجهه فعال» داشته باشیم. اگر در تمدن اسلامی رویکرد «مواجهه فعال» اتخاذ نشود، چه‌بسا ابعاد اسلامیت تمدن ما با چالش مواجه شود و راه برای ورود سکولاریسم به فرهنگ و تمدن اسلامی هموار شود. بنابراین برای مواجهه فعال با چالش‌های علوم‌شناختی دین باید نسبت به مواجهه منطقی و معقول با عناصر دین‌زدایی در ساحت علوم تجربی مقابله کنیم. ما می‌توانیم با حفظ دیانت و شریعت به جدیدترین عرصه‌های علمی دنیا مثل «علوم‌شناختی دین» ورود کنیم و نسبت به شبهات برخاسته از یافته‌های علوم‌شناختی دین مواجهه‌ای فعال و منطقی داشته باشیم.