انتقادات نسبت به عملکرد دانشگاه آزاد اسلامی از سوی نمایندگان مجلس تا دانشجویان این دانشگاه همچنان ادامه دارد. این گلایه‌ها از اخذ شهریه‌های بالا گرفته تا کیفیت نامطلوب علمی و آموزشی به گونه‌ای است که برخی دانشجویان دانشگاه آزاد پس از فارغ التحصیلی با ارائه آن همه هزینه گویی فقط یک مدرک دارند، این در حالی است که در سطح مدرسه اتفاقاً کیفیت مدارس غیردولتی در برخی موارد بیش از مدارس دولتی است و این باعث شکاف شده است اما دانشگاه آزاد با این میزان پولی که می‌گیرد در کمیت و کیفیت نتوانسته از دانشگاه‌های دولتی سبقتی بگیرد که این جای تأمل و سؤال دارد.
 م. یونسی یکی از دانشجویان رشته روانشناسی در مقطع کارشناسی ارشد دانشگاه آزاد است که برای تأمین هزینه‌های تحصیل خود مجبور است در یک کارگاه تولیدی کاری پاره وقت با درآمد پایین داشته باشد. وی به ایرنا می‌گوید: «شهریه‌های دانشگاه کمرم را خم کرده است. حمایتی از سوی خانواده ندارم و مجبورم تمام هزینه‌های زندگی‌ام را به تنهایی تأمین کنم. در این شرایط سخت اقتصادی، درآمد پایینی که دارم نمی‌تواند جوابگوی زندگی ساده و بی‌آلایشم باشد. از تمام نیازهای شخصی خود می‌زنم تا بتوانم ماهانه مبلغی را پس‌انداز کنم و در پایان هر ترم شهریه دانشگاه را پرداخت کنم.»
دانشجوی دیگر که در مقطع کارشناسی علوم سیاسی تحصیل می‌کند، می‌گوید: «همیشه از دانشگاه تصور دیگری داشتم. فکر می‌کردم دانشگاه یک جایگاه و اعتبار ویژه‌ای دارد و کسانی که از آن فارغ التحصیل می‌شوند، شأن و موقعیت اجتماعی بالایی خواهند داشت اما پس از ورود به دانشگاه متوجه شدم که تمام تصوراتم اشتباه است. نه سطح اساتید دانشگاه، در حدی است که بتوانم به آن تکیه کنم نه دلسوزی را که باید، در بین آنها دیدم. البته بی‌انصافی نباشد برخی اساتید هم هستند که از سطح علمی خوبی برخوردارند اما دغدغه‌ای برای انتقال مطالب به دانشجویان ندارند، شاید هم بی‌انگیزگی برخی دانشجویان آنها را بی‌تفاوت کرده باشد.»
یک دانشجوی دیگر در رشته علوم آزمایشگاهی مقطع کارشناسی این دانشگاه نیز از پایین بودن سطح سواد برخی اساتید و کمبود تجهیزات آزمایشگاهی گلایه‌مند است. وی می‌گوید به رغم پرداخت شهریه بالا برای واحدهای عملی، در بسیاری از موارد امکانات، مواد و تجهیزات لازم آزمایشگاهی برای انجام پروژه‌های تحقیقاتی در اختیار دانشجویان قرار نمی‌گیرد.
یکی از این دانشجویان با انتقاد از تعویق زیاد در پرداخت وام دانشجویی که جهت کمک به پرداخت شهریه است، می‌گوید: «گاهی آنقدر پرداخت وام را به تأخیر می‌اندازند که زمان انتخاب واحد و ثبت نام به پایان می‌رسد و مجبوریم به خاطر کمبود بودجه‌ای که داریم، واحدهای کمتری برداریم و همین امر سبب می‌شود که طول تحصیل‌مان افزایش یافته و مجبور باشیم یک شهریه ثابت اضافه‌تری پرداخت کنیم.»

چالش بزرگ در دانشگاه آزاد
در همین راستا جلیل رحیمی جهان آبادی نماینده مجلس یازدهم و عضو هیأت علمی دانشگاه آزاد درباره وضعیت دانشگاه آزاد اسلامی و مشکلات آن به ایرنا گفت: فلسفه تأسیس دانشگاه آزاد در ابتدا توسعه آموزش عالی بود. با این حال در سال‌های اخیر مسأله کمی تغییر کرده است؛ با توجه به اینکه با کاهش جمعیت نسل جوان و دانشجو مواجه هستیم، آمارها نشان می‌دهد بسیاری از واحدهای دانشگاه آزاد در عمل حتی ساعت آموزشی موظفی اساتید استخدامی را هم نمی‌توانند پُر کنند، لذا این باعث شده هزینه سنگینی بر دوش مردم باشد؛ وقتی دانشگاه نمی‌تواند حقوق استادان و کارکنان را تأمین کند چاره‌ای جز افزایش شهریه ندارد.»
رئیس سابق دفتر نمایندگی دانشگاه آزاد اسلامی در افغانستان با بیان اینکه رشد علمی تنها در معدودی از واحدهای داخلی دانشگاه آزاد ایجاد شده است، گفت: «برخی واحدهای دانشگاه آزاد در شهرستان‌ها، هم از نظر تعداد استاد و دانشجو و هم از نظر سطح آموزشی از کیفیت خوبی برخوردار نیستند. سطح علمی برخی استادان مناسب نیست و تأسیس واحد دانشگاه آزاد برای برخی شهرها آثار فرهنگی ایجاد کرده است؛ بنابراین باید به دانشگاه آزاد کمک کرد.»

شهریه بالای دانشگاه آزاد و حقوق اندک دانشجویان
امانقلی شادمهر عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس و رئیس کمیته دانشگاه‌های غیرانتفاعی کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس درباره شرایط دانشگاه آزاد و اینکه دانشجویان آن از افزایش شهریه‌ها و پایین بودن کیفیت آموزشی گله‌مند هستند و حتی کارکنان نیز از وضعیت معیشتی خود رضایت ندارند، به ایرنا گفت: «در دانشگاه آزاد به مدرک‌گرایی بسیار بها داده شده و از طرفی افزایش شهریه‌ها بدون ضابطه در حال افزایش است که سبب نارضایتی دانشجویان شده است.»
عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس افزود: «به تازگی در این کمیسیون موضوع ساماندهی دانشگاه آزاد در موضوع شهریه‌ها، ظرفیت رشته‌های دانشگاهی، شکایت و گلایه کارکنان و اساتید از حقوق پایین، نحوه رتبه‌بندی اساتید و فضای فرهنگی دانشگاه با محمدمهدی طهرانچی رئیس دانشگاه آزاد بحث و تبادل نظر شد. در کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس، طرح ساماندهی دانشگاه آزاد مطرح است که بزودی در صحن مجلس اعلام وصول خواهد شد و اکنون جزئیات آن در هیأت رئیسه بررسی می‌شود.»
شادمهر ادامه داد: «شرایط دریافت حقوق کارکنان و اساتید دانشگاه آزاد قابل مقاسیه با سایر دانشگاه‌ها بویژه دانشگاه‌های دولتی نیست. بر همین اساس امیدواریم پیگیری که کمیسیون آموزش در دستور کار قرار داده و تحقیق و تفحص از دانشگاه آزاد که در حال انجام است، سبب بهبود و ساماندهی شرایط این دانشگاه شود.»
وی با بیان اینکه دانشگاه‌های غیرانتفاعی جزو برترین دانشگاه‌های جهان محسوب می‌شوند، تصریح کرد: «بهترین دانشگاه‌های اروپایی و امریکایی که رتبه‌های علمی بالایی در جهان دارند، غیرانتفاعی هستند و از نظر کیفیت علمی نیز در سطح بالایی قرار دارند. اما در کشورمان دانشگاه‌های آزاد و علمی و کاربردی سطح آموزشی و علمی پایینی دارند که قطعاً باید ساماندهی شوند.»

طرح ساماندهی نظارتی دانشگاه آزاد چه می‌گوید
طرح پیشنهادی مجلس به منظور ابهام‌زدایی حقوقی، شفافیت، پاسخگویی و رسیدگی به تظلم خواهی دانشگاهیان دانشگاه آزاد اسلامی تهیه شده و سه ماده دارد.
در ماده نخست پیش‌بینی شده که نام دانشگاه آزاد اسلامی به قانون فهرست نهادها و مؤسسات عمومی غیر دولتی اضافه شود.
در ماده ۲ نیز این دانشگاه مشمول قانون تشکیلات و آیین دادرسی دیوان عدالت اداری می‌شود تا کارکنان، دانشجویان و اعضای هیأت علمی در صورت صدور بخشنامه خلاف قانون بتوانند در دیوان عدالت اداری اقامه دعوی کنند.
در ماده ۳ نیز تأکید شده روابط استخدامی کارکنان غیر هیأت علمی دانشگاه آزاد اسلامی تابع قانون کار باشد و هرگونه اختلاف فردی بین آنها و هیأت امنای دانشگاه آزاد اسلامی در صلاحیت هیأت‌های تشخیص و حل اختلاف قانون کار رسیدگی شود.