بر خلاف نظر طباطبایی هنوز هم «فرهنگ» است که ایران را راه می‌برد
دکتر رضا داوری اردکانی، استاد فلسفه،در نقد رویکرد سیدجواد طباطبایی که «تفسیر معنوی از جهان» را از عوامل انحطاط ایرانیان تلقی می‌کند، می‌گوید:
ایران با اینکه یک موجودیت واحد است همواره شئون متفاوت اما به هم بسته سیاسی، فرهنگی و تاریخی داشته است. در زمان‌های دور شأن سیاسی آشکارتر بوده اما در دوره اسلامی شأن فرهنگی ایران جلوه بیشتری پیدا کرده است. مع‌هذا آنچه ایران را راه می‌برد هنوز هم فرهنگ و هنر و تفکر ایران است.
(‌نشست‌ اندیشه و تمدن ایرانشهری/
 15 شهریور 1396)

طباطبایی تاریخ را نمی‌شناسد
دکتر موسی نجفی، استاد علوم‌سیاسی:
دکتر طباطبایی وقتی در کتاب «زوال اندیشه سیاسی» به مشروطه می‎رسد، مآخذش یک‎طرفه می‌شود و دوره صفویه را اصلاً نمی‎شناسد... همین کتاب باعث شد تز دکترای من در جهت عکس این کتاب و در پاسخ به آن شکل بگیرد. این تز که بعدها تحت عنوان کتاب «مراتب ظهور فلسفه سیاسی در تمدن اسلامی» منتشر شد از نظر فکری دقیقاً نقطه مقابل کتاب زوال اندیشه سیاسی او است.‎ با اینکه آقای طباطبایی می‎خواهد عمیق‎تر از قبلی‎ها عمل کند اما او هم تاریخ را خوب نمی‎شناسد.
(گفت‌وگو با هفته‌نامه پنجره)
 

ایده «ایرانشهری» طباطبایی شدنی نیست
مرحوم دکتر داوود فیرحی، استاد سابق دانشگاه تهران:
ایده طباطبایی به‌رغم همه تلاش‌های نظری وی به مرحله نظریه‌ای منقح نرسیده و همچنان باید آن را «شهود در باب ایرانشهری» قلمداد کرد. ایرانشهری شدنی نیست. در منازعه بین سلطنت و شریعت از مشروطه به این سو شریعت برنده بوده است. کسانی همچون میرزا آقا خان کرمانی، مرحوم پیرنیا و فروغی که به باستان‌گرایی بازگشتند اما این باستان‌گرایی آنان بعدها تبدیل به ایدئولوژی دولت پهلوی شد که یک باستان‌گرایی ایدئولوژیک مدرن و متفاوت است. خیلی وقت است که سلطنت در ایران مرده و فکر آن نیز از بین رفته است.
(فصلنامه دولت‌پژوهی)
 

طباطبایی همه را به اندیشیدن در نظام فکری خود ملزم می‌کند
دکتر حسین سراج‌زاده، جامعه‌شناس:
کسانی همچون دکتر سید جواد طباطبایی که از امتناع اندیشه، فکر فلسفی و انحطاط آن در دوره کنونی سخن می‌گویند،‌ صرفاً بر یک نوع خاص از نظام اندیشه‌ای تأکید ‌کرده و می‌کوشند دیگران را هم به اندیشیدن در این نظام فکری ملزم‌‌ کنند. این در حالی است که جامعه ایران با همه ظرفیت‌هایش، اعم از سنتی و مدرن، متفکرانی داشته که آموزه‌های خود را از همین نظام‌ها گرفته‌اند. نباید تصور کرد که همه آنچه دیگران و گذشتگان انجام داده‌اند بیهوده و عبث است.
(نشست نقد کتاب «خواجه نظام‌الملک طوسی» اثر سیدجواد طباطبایی/ 26 فروردین 1396)