گرفتار در تنگنای ذهنیت ایدئولوژیک
طباطبایی در حلقه روشنفکرانی می‌نشیند که دل در گرو تجدد و مدرنیته دارند و پیوسته در تحلیل مسأله ایران بر طبل عقب‌ماندگی می‌کوبند. اما آنچه او را از دیگر همفکرانش جدا می‌کند؛ رویکردش در تحلیل‌ تحولات جامعه ایرانی است. طباطبایی متأثر از رساله دکتری‌اش «تکوین اندیشه سیاسی هگل جوان» موضعی تاریخی با رویکردی خطی را در کارهای خود دنبال می‌کند و می‌کوشد تا انحطاط ایرانیان را صرفاً از منظری تاریخی و بر بستر فکر سیاسی تحلیل کند و به همین دلیل، تبیینی تک‌عاملی ارائه می‌کند و بنابر همین رویکرد یکجانبه‌ای که در دستور کار دارد، نقدهای بسیاری را متوجه خود کرده ‌است.
طباطبایی، همچنین در خلال «نظریه انحطاط ایرانی»‌اش توضیح می‌دهد که چگونه اندیشه و فلسفه سیاسی در ایران از قرن سوم و چهارم هجری به بعد، به کناری وانهاده شده و عملاً حملات مغولان و گرایش‌های صوفیانه، عرصه را بر ظهور «اندیشه ایرانشهری» تنگ ‌کرده است. او تنها یک دستگاه نظری مفهومی را برای درک مسأله ایران به رسمیت می‌شناسد و با پشت پا زدن به دیگر کوشش‌های نظری متفکران، از «امتناع تفکر و اندیشه در جامعه ایران» حرف می‌زند. اصرار او بر چهارچوب نظری‌ که برای فهم مسأله ایران برگزیده او را بیش از پیش به متفکری جزم‌اندیش و ایدئولوژیک بدل کرده است.

تحلیل‌های بی‌حساب
طباطبایی که رتبه نخست گروه علوم‌سیاسی را در نهمین جشنواره فارابی از دولت روحانی کسب کرد، در جریان ناآرامی‌های اخیر کاملاً در قامت یک اپوزیسیون ظاهر شد و علیه انقلاب اسلامی و کارگزاران انقلاب سلسله یادداشت‌هایی را با عنوان «انقلاب ملی در انقلاب اسلامی» نوشت و انقلاب‌اسلامی را در امتداد سنت شریعت‌نامه‌نویسی قرار داد. به زعم او، انقلاب اسلامی 57 به نوعی احیا خلافت ‌بود و این ضد منطق تحولات ملت ایران است و اعتراضات اخیر را کوششی برای بازپس‌گیری این هویت ملی خواند: «انقلاب ملّی کنونی همان «امر ملّی» تاریخی ایران است که ناگهان از زیر خاکستر انقلاب اسلامی سر برآورده است.»
طباطبایی همچنین به ایده «امت» می‌تازد و معتقد است که ملت ایران در جریان اتفاقات اخیر نشان داد که پا از محدوده قلمرو امت بیرون نهاده است: «تاریخ ما تاریخ ملّی است و با توهّم امّتی که سر در چنبر اطاعت دارد و همیشه خواهد داشت، فرمان‌‌راندن بر او ممکن نیست.»

اشتباهاتی که نمی‌توانند واقعیت ما را توضیح دهند
فارغ از نقدهایی که به مبانی فکری او وارد است، اعم از ایده ایرانشهری، داشتن نگاه خطی و تاریخی به مفهوم ملت و نگاه غیرتاریخی به مفهوم امت و... به نظر می‌رسد تفکر اسطوره‌ای‌‌ که طباطبایی از ایران باستان در ذهن دارد و از آن دفاع می‌کند بیشتر به یک افسانه‌ می‌ماند و همین امر، او را در تنگنای ذهنیت ایدئولوژیک‌اش محصور کرده و باعث شده تا در تحلیل‌ مسائل اخیر ایران به بیراهه رود و رفتار جامعه را در همان نگاه ایدئولوژیک و افسانه‌ای‌اش خوانش کند. به نظر می‌رسد او گرفتار در چهارچوب نظری شده است که او را از شناخت واقعیت جامعه دور می‌کند.