طباطبایی از نقش «دین» در ساخت هویت ایرانی غفلت کرده است
 دکتر حسین کچوییان، جامعه‌شناس:
طباطبایی، «ملیت» را عنصر محوری و وحدت‌بخشِ «هویت ایرانی» می‌داند غافل از اینکه تشخیص چیستی و چگونگی هویت یک قوم از طریق حرکت‌های جمعی آن ملت ممکن است. عنصر اصلی تمام حرکت‌های جمعی ایرانی‌ها از زمان خلافت اسلامی تا امروز، «دین» بوده و هرجا این عنصر جدا شده، این حرکت‌ها فروریخته است؛ مانند نهضت ملی‌شدن نفت یا نهضت مشروطه. اگر ما همین امروز هم هویت دینی‌مان را از دست بدهیم، فردا انقلاب اسلامی فرومی‌ریزد.
(گفت‌وگو با مجله تصویری دریچه)

آثار طباطبایی لبریز از احکام جزمی و پیامبرگونه است
دکتر حاتم قادری، استاد علوم‌ سیاسی:
وقتی دکتر طباطبایی با خرد جدید به خوانش تاریخ ایران می‌پردازند، برخوردهایی ایدئولوژیک و نوعی از خشونت در عرضه و بسط اندیشه‌اش به چشم می‌خورد که این، بُعد ایدئولوژیک او را پررنگ‌تر می‌کند...آثار ایشان لبریز از احکام جزمی و پیامبرگونه است. احکامی که منشأ و پایه و استدلال آنها روشن نیست. گفتمان طباطبایی به نوعی گفتمان طرد است. الفاظی که او برای تحقیر مخاطبانشان به کار می‌برند، برای فهم اینکه «در کجای تاریخ ایستاده‌ایم؟» سودمند و مفید نیست.
(نشست «نقد و بررسی اندیشه‌های سید جواد طباطبایی» / 4 اردیبهشت 1393)

طباطبائی به واقعیت تاریخی توجهی ندارد
حسن قاضی مرادی، مترجم و پژوهشگر جامعه شناسی:
طباطبایی، در مجموع، به واقعیت‌های تاریخی اعتنا و توجهی ندارد. او ترجیح می‌دهد به توصیفات خیال‌انگیزی از نظام‌های سلطنتی ایران‌باستان بپردازد که بر پایه‌ اندیشه‌ سیاسی ایرانشهری برمی‌سازد. برای او همین کافی است که به نظر غیرکارشناسانه‌ شاردن متشبث شود که «نظام فرمانروایی ایران باستان دادگرانه و برابر قانون‌های آن مردم برابر بودند!»

(کتاب «تأملات ابزاری»
نوشته حسن قاضی مرادی)

طباطبایی مواجهه‌ای کینه‌توزانه
با مخالفان خود دارد
دکتر حسن محدثی، جامعه‌‌شناس:
سیدجواد طباطبایی اغلب در آثار خود در باب کسانی که با آنان مخالف است، کینه‌توزانه و نفرت‌انگیز سخن گفته است. او هنوز به مرحله‌ای از رشد فکری و اخلاقی و شخصیتی نرسیده است که مخالفان فکری خود را به ‌رسمیت بشناسد و محترمانه درباره‌ آنان سخن بگوید. برای مثال در کتاب «ملاحظات» خود درباره‌ مخالفانش می‌نویسد: «نمی‌توان انتظار داشت که جز یاوه چیزی بنویسند» (طباطبایی، 1398: 53)
(یادداشت «ملاحظاتی درباره «ملاحظات طباطبایی»/ روزنامه ایران/ 18 آبان 98)