راندمان پایین آب و اتلاف حدود 55 درصدی آب در بخش کشاورزی، چالشی مهم در کشور است در شرایطی که حدود ۸۵ درصد مساحت در اقلیم خشک، نیمه‌خشک و فراخشک واقع شده و میانگین بارندگی همچنان کمتر از سطح متوسط جهانی است.
براساس اعلام مدیریت منابع آب کشور، میزان آب تولیدی کشورکه از مجموع بارش مفید ارتفاعات و دشت‌های کشور محاسبه می‌شود، معادل 109،9 میلیارد متر ‌مکعب بوده است. با توجه به خروجی منابع سطحی و زیرزمینی، 90،4 درصد آب کشور در بخش کشاورزی مصرف می‌شود. به عبارتی 99،34 میلیارد متر‌مکعب آب در هر سال به بخش کشاورزی هدایت می‌شود. 9،12 میلیارد متر مکعب آب در بخش شرب و 1،4 میلیارد متر مکعب هم به حوزه صنعت سرازیر می‌شود.
همین آمار کافی است تا نشان دهد که بخش کشاورزی تا چه میزان درمصرف آب، بازیگری بی‌رقیب بوده است. درحال حاضر حدود 18 میلیون هکتار زمین کشاورزی قابل مدیریت در کشور وجود دارد که 14 میلیون هکتار آن کشت می‌شود.
از سفره‌های آب زیرزمینی همواره به عنوان مهم‌ترین منبع تأمین پایدار آب کشور یاد می‌شود.
کاهش بارش‌ها و ازدست‌رفتن منابع سطحی آب در سال‌های اخیر برای تأمین بخش مهمی از نیازهای آبی کشور باعث شده تا استفاده از منابع آب زیرزمینی شدت بیشتری یابد.
منابع آب زیرزمینی کشور، جزو ذخایر راهبردی محسوب شده و نقش اساسی و حداکثری در تأمین مصارف آب کشور دارند. هرچند که در دهه‌های گذشته حدود ۱۳۶ میلیارد مترمکعب از این ذخایر غیر قابل تجدیدپذیر مصرف شده است. با توجه ‌به مخاطره‌های ناشی از کسری مخزن، طرح احیا و تعادل‌بخشی منابع آب زیرزمینی در سال ۱۳۹۳ تصویب و از همان سال، اجرایی شد. هر چند که محدودیت‌ها باعث شد تا امکان تحقق همه اهداف پیش‌بینی شده با این روند فراهم نباشد. گفته می‌شود که در حال حاضر حدود نیمی از نیاز آبی کشور (شرب، صنعت و کشاورزی) ازمنابع زیرزمینی تأمین می‌شود. این میزان برابر با حدود ۵۴ میلیارد مترمکعب در سال است. ساده‌تر اینکه از این حجم برداشت ۵۴ میلیارد مترمکعبی که سالانه از منابع زیرزمینی استحصال شده و به مصرف می‌رسد، حدود ۵۰ میلیارد و ۵۰۰ میلیون مترمکعب از چاه‌ها و حدود ۳،۵ میلیارد مترمکعب از قنوات برداشت می‌شود.
سهم کشاورزی از برداشت مستمر آب از چاه‌ها و منابع زیرزمینی بسیار زیاد است، به‌طوری‌ که از مجموع حدود ۵۴ میلیارد مترمکعب برداشت سالانه، حدود ۴۸،۳ میلیارد مترمکعب، در بخش کشاورزی مصرف می‌شود. درحالیکه به طور متوسط در کشور، ۴۵ درصد از نیاز آبی از منابع سطحی و ۵۵ درصد از منابع زیرزمینی تأمین می‌شود، اما وابستگی تأمین آب در برخی استان‌ها به منابع زیرزمینی به مراتب بیشتر است.
در ۱۷ استان کشور، بیش از ۶۰ درصد وابستگی به منابع زیرزمینی درتأمین آب وجود دارد. از این ۱۷ استان، در ۸ استان خراسان رضوی، خراسان جنوبی، کرمان، فارس، یزد، هرمزگان، البرز و همدان وابستگی به منابع زیرزمینی در تأمین آب موردنیاز، بیش از ۸۰ درصد برآورد شده است. واقعیت این است که ۶۴ درصد جمعیت کشور در این ۱۷ استان به سرمی برند. همچنین کسری سالانه مخازن آب‌های زیرزمینی این ۱۷ استان ۷۵ درصد و کل برداشت از سفره‌های زیرزمینی هم درآنها ۶۷ درصد کل کشور است.
فراموش نکنیم که ۷۴ درصد آب شرب دراین استان‌ها ازمنابع زیرزمینی تأمین می‌شود.
اما چرا میزان مصرف آب و اتلاف آن در بخش کشاورزی تا این حد بالا است؟
رئیس هیأت مدیره انجمن علوم ومهندسی منابع آب ایران در گفت‌و‌گو با «ایران»، با انتقاد از راندمان پایین آب در بخش کشاورزی، اذعان داشته که به دلیل نبود مکانیسم حسابرسی و اندازه‌گیری آب درکشور، راندمان آب در بخش کشاورزی بسیار پایین است.
علیرضا دائمی، چالش دیگر در برداشت زیاد آب بخش کشاورزی را وجود تناقض بین برنامه‌های توسعه‌ای درسال‌های قبل و شرح وظایف وزارتخانه‌های نیرو و جهاد کشاورزی دانست که باعث شده تا الگوی کشت در همه سال‌های گذشته، منطبق با ویژگی‌های اقلیمی کشور صورت نگیرد.
وی با اشاره به تعداد زیاد چاه‌های غیرمجاز در کشور از جمله در بخش کشاورزی گفت که به دلیل نبود ساختار حسابرسی و اندازه‌گیری آب، میزان برداشت بخش کشاورزی از چاه‌های مجاز و غیرمجاز وآبخوان‌ها معلوم نیست. شرکت مدیریت منابع آب ایران گزارش داده که تا پایان اسفند سال 1400، حدود 864 هزار حلقه چاه آب در کشور وجود داشت که از این تعداد، 494 هزار حلقه چاه مجاز و 370 هزار حلقه غیرمجاز بوده است. این رقم در پایان سال 1399 حدود 360 هزار حلقه چاه بوده که در سال گذشته 10 هزار حلقه به آن اضافه شده است.
رئیس هیأت مدیره انجمن علوم و مهندسی منابع آب ایران گفته که سبک‌های استفاده از آبیاری در بخش کشاورزی چندان با اقلیم کشور همخوانی ندارد، درحالیکه تنها با مکانیزه کردن بخش کشاورزی بین 10 تا 20 درصد هدررفت آب در بخش کشاورزی کاهش خواهد یافت.
دائمی با بیان اینکه هدررفت محصول از زمان برداشت تا مصرف حدود 30 درصد بوده، گفت که این میزان باعث اتلاف زیاد آب در بخش کشاورزی شده، هرچند که به‌تازگی این روند بهتر شده و بهبود یافته است.

تلاش دولت سیزدهم برای بهبود مصرف آب در بخش کشاورزی
با وجود مصرف بالای آب در بخش کشاورزی در سال‌های اخیر اما واقعیت این است که دولت سیزدهم از زمان آغاز به کار، اصلاحات جدی را در مدیریت آب و مصرف بهینه آن کلید زده است. از اجرای کشاورزی قراردادی، اجرای هدفمندی یارانه‌ها و اجرای الگوی کشت در بخش کشاورزی به عنوان بخش کوچکی از اقدامات مهم دولت سیزدهم در بخش کشاورزی یاد می‌شود.
برای آشنایی بهتر با تأثیرات این اقدامات، کافی است بدانیم که اجرای الگوی کشت در کشور موجب کاهش ۶ درصدی مصرف آب معادل (۳ میلیارد مترمکعب)، افزایش ۱۸ درصدی بهره وری آب و افزایش ۱۱ درصدی تولید خواهد شد.
برآورد شده که اجرای الگوی کشت نیازمند بودجه حداقل ۳۰ هزار میلیارد تومانی برای سال زراعی ۱۴۰۲ - ۱۴۰۱ است. علی‌اکبر محرابیان وزیر نیرو گفته که فرهنگ استفاده از آب در بخش کشاورزی باید اصلاح شود زیرا دولت عزم خود را برای حل مشکلات و مدیریت منابع آب با روش‌های نوین جزم کرده و افزوده که اصلاح الگوی کشت و افزایش راندمان آب در بخش کشاورزی اولویت مدیریت منابع آب است زیرا صرفه‌جویی 10 درصدی در بخش خانگی 500 تا 600 میلیون متر مکعب آب در سال را ذخیره می‌کند در حالی که این رقم در بخش کشاورزی معادل یک میلیارد و 500 میلیون متر مکعب خواهد بود. ناگفته پیداست که دولت سیزدهم برنامه‌های مهمی برای بخش مدیریت منابع آب کشور داشته که از جمله آنها می‌توان به بازچرخانی و استفاده مجدد از آب و بهره‌برداری از منابع آب نامتعارف، تعادل‌بخشی عرضه و تقاضای آب با هدف کاهش بیلان منفی سفره‌های زیرزمینی، کنترل تلفات و جلوگیری از هدررفت آب، افزایش نصب کنتورهای هوشمند، مسدود کردن چاه‌های غیرمجاز و اجرای روش‌های نوین آبیاری اشاره داشت.