زمزمۀ حرکت و هدف‌گذاری 
سفر او به مصر آغاز مرحلۀ مبارزۀ او بود. فتحی پس از اطلاع از جنبش اخوان‌المسلمین در مصر به این نتیجه رسید که این جنبش اسلامی آن چیزی نیست که او به‌دنبال آن بود. ازاین‌رو، در سال اول دانشگاه، با چند تن از دوستانش مانند عبدالعزیر عوده و رمضان‌عبدالله شله، گروهی به نام «جهاد اسلامی در فلسطین» تشکیل داد که یک هدف را دنبال می‌کرد: «آزادسازی فلسطین»؛ «این میهن کوچک، عزیز و مقدس فلسطین، تحت هیچ شرایطی نمی‌تواند بیش از یک ملت، یعنی مردم فلسطین، را در خود جای دهد.»

امام خمینی؛ راه‌حل مقاومت اسلامی 
چند ماه قبل از پیروزی انقلاب اسلامی ایران در سال 1979، فتحی شقاقی مقاله‌ای در مصر با عنوان «خمینی: راه‌حل مقاومت اسلامی» نوشت و نشان داد که آنچه به‌دنبال آن بوده، یافته است. وحدت و اعتقاد به هم‌بستگی اسلامی برای رهایی از سلطۀ صهیونیستی را می‌توان در سطر نوشته‌های او یافت. وی با پیروزی انقلاب اسلامی در بهمن همان سال، مقالاتی را تبدیل به کتاب کرده و با جلدی با تصویر امام‌خمینی(ره) در زیر درخت سیب در نوفل‌نوشاتو منتشر کرد. در همان روزهای اولیه، 10هزار نسخه فروخت و شوروهیجانی را برانگیخت. ازاین‌رو نیروهای امنیتی مصر او را دستگیر و ماه‌ها در زندان ارگ زندانی کردند.

گام بلند برای جهاد تبیین 
سپس در سال1981 این کشور را ترک کرد و پس از چندین‌بار دستگیری به‌دلیل فعالیت‌های سیاسی برای فرار از دست سرویس‌های امنیتی مصر به نوار غزه بازگشت. بازگشت او به‌همراه همراهانش به فلسطین با اعلام رسمی جنبش «جهاد اسلامی در فلسطین» همراه بود. رهبران این جنبش پس از خروج از مصر و ورود به فلسطین، در مدارس و دانشگاه‌ها با اقامۀ نماز جماعت و موارد دیگر، عقاید خود را برای مردم فلسطین بیان کردند. فتحی در مجلۀ «المختار الاسلامی و المسلمین معاصر» که بین مردم فلسطین پخش می‌شد، ایدۀ «جهاد اسلامی» را توضیح می‌داد. زمانی که فتحی‌ شقاقی به فلسطین بازگشت، پزشکی اطفال در غزه و بیت‌المقدس را به‌عنوان اولین شغل خود انتخاب کرد. شغل او نوعی پوشش امنیتی برای گیج‌کردن صهیونیست‌ها بود تا به فعالیت‌های او حساس نشوند؛ البته که خدمت به بیماران و اطفال را هم دوست داشت.

رهبری انتفاضه از درون زندان 
در سال1983 زمانی که در بیمارستان ویکتوریا در اورشلیم مشغول‌به‌کار بود، به‌اتهام تشکیل «جهاد اسلامی» به‌مدت 11 ماه و بار دیگر در سال1986 به‌اتهام تحریک مردم علیه اسرائیل و حمل سلاح به غزه دستگیر و به چهار سال زندان و پنج سال حبس تعلیقی محکوم شد. هنگامی که رژیم صهیونیستی متوجه شد شقاقی رهبری فلسطینی‌ها و اولین انتفاضۀ فلسطین را از زندان برعهده دارد، او و برخی از دوستانش را قبل از پایان دوره محکومیتشان در سال1988 به جنوب لبنان تبعید کردند.

جهاد متوقف نخواهد شد
او در اوایل دهۀ1990 ده‌ها عملیات مسلحانه را رهبری و در مقابل صهیونیست‌ها برای تقویت و تثبیت پایه‌های «جهاد اسلامی» ایستادگی کرد. شقاقی همیشه معتقد بود: «تازمانی‌که فلسطین در اشغال است، جهاد متوقف نخواهد شد». شهید شقاقی در رابطه با تلاش خود در جهاد اسلامی می‌گوید: ما اساساً یک حرکت اسلامی مبتنی‌بر شریعت و مبانی برگرفته از قرآن کریم و سنت پیامبرمان حضرت محمد(ص) هستیم. ما همۀ این‌ها را مبنایی قرار می‌دهیم که حرکت خود را در این مرحله یا در این مرحله بر اساس آن بنا کنیم. زمان در تاریخ و نهضت جهاد اسلامی به‌عنوان جنبشی نوساز در درون این اندیشۀ اسلامی شروع به پرسش و پاسخ کرده است که چگونه می‌توان اسلام را با علوم و فقه خود با دیدی نظام‌مند که از ابزارهای شناختی و تاریخ بهره می‌برد، درک کرد.
محبوب قلوب مؤمنان 
نصر هویدی، از هم‌رزمان شهید فتحی شقاقی، دراین‌باره گفت: هیچ فردی نبود که با دکتر فتحی(ره) ملاقات کرده باشد، اما تحت‌تأثیر او قرار نگرفته باشد؛ حتی کسانی که با آن‌ها اختلاف‌نظر داشت، به توانایی او در تأثیرگذاری و ایجاد خلاقیت در تفکر و تحلیل دیگران گواهی می‌دادند و به‌دلیل فرهنگ عالی و سبک شگفت‌انگیز مناظره، ذهن و قلب شنوندگان را تسخیر می‌کرد. هویدی توضیح داد که یکی از مهم‌ترین جنبه‌هایی که دکتر ابوابراهیم به‌ویژه در دوران اقامتش در مصر در اواخر دهۀ70، زمانی که در دانشگاه زاغزیج دانشجو بود، به آن علاقه‌مند بود، علاقۀ او به ساختن انسان و چگونگی تشکیل محافل فرهنگی، مذهبی و آموزشی کند.

پیرو راه امام ‌حسین(ع) هستیم 
دکتر فتحی شقاقی در پاسخ به قطعیت پیروزی راه مقاومت می‌گوید: «ما اصولاً به این موضوع فکر نمی‌کنیم. ما پیروزی خود را انتخاب راه حسین‌بن‌علی(ع) می‌دانیم و هدفمان ادای فریضۀ ‌الهی است. همان‌طورکه در جمع‌بندی اندیشۀ اصلی خود می‌گوید: «این خون شهداست که مبارزان بیشتری تولید و تقابل با اشغال را تشدید می‌کند». حجت‌الاسلام‌والمسلمین محمدحسن رحیمیان، ریاست اسبق بنیاد شهید و امور ایثارگران و تولیت كنونی مسجد مقدس جمكران، از دوستان ایرانی شهید دكتر فتحی شقاقی بوده و در روایتی از سیره و سلوک آن شهید می‌گوید: «شهید دكتر فتحی شقاقی، نماد برجستۀ اخلاص و جهادفی‌سبیل‌الله، شاگرد مكتب عاشورا و پیرو امام‌حسین(ع) بود. او همواره از امام‌حسین(ع) می‌گفت و می‌نوشت و الهام می‌گرفت و یقین داشت كه تنهاراه نجات فلسطین، پیروی از مكتب امام‌حسین(ع) و نهضت عاشورا، شهادت‌طلبی، جهاد و ایثار است و انصافاً خود او در این عرصه هیچ كم نگذاشت و با شهادتش، ایمان به اعتقاداتش را اثبات كرد. او نیز همچون شهدای تاریخ، تازه پس از شهادت نورافشانی بیشتری خواهد كرد و چراغ راه مظلومان تحت ستم خواهد بود.»