ماجرای درخواست از امیرالمؤمنین(ع) و شاگردی آیت‌الله قاضی
علامه طباطبایی درباره ورود به نجف و آغاز تحصیلات در این شهر می‏‌گوید: هنگامی که از تبریز به قصد ادامه تحصیل علوم اسلامی به سوی نجف اشرف حرکت کردم، از وضع نجف بی‌اطلاع بودم، نمی‏‌دانستم کجا بروم و چه بکنم. در بین راه همواره به فکر بودم که چه درسی بخوانم، پیش چه استادی تلمذ کنم و چه راه و روشی را انتخاب کنم که مرضی خدا باشد، وقتی که به نجف اشرف رسیدم، رو کردم به قبله و بارگاه امیرالمؤمنین(ع) و عرض کردم: یا علی(ع)! من برای ادامه تحصیل به محضر شما شرفیاب شده‏‌ام ولی نمی‌‏دانم چه روشی را پیش گیرم و چه برنامه‌‏ای را انتخاب کنم، از شما می‏‌خواهم که در آنچه صلاح است مرا راهنمایی کنید.
منزلی اجاره کردم و در آن ساکن شدم. در همان روزهای اول، قبل از اینکه در جلسه درسی شرکت کرده باشم در خانه نشسته بودم و به مشکلات و آینده خود فکر می‏‌کردم. ناگاه در خانه را زدند، در را باز کردم. دیدم یکی از علمای بزرگ است. سلام کرد و داخل منزل شد. در اتاق نشست و خیرمقدم گفت. چهره‏‌ای بسیار جذاب و نورانی داشت. با کمال صفا و صمیمیت به گفت وگو نشست و با من انس گرفت و سخنانی بدین مضمون گفت: کسی که به قصد تحصیل به نجف می‏‌آید خوب است علاوه بر تحصیل به فکر تهذیب و تکمیل نفس خویش باشد و از نفس خود غافل نشود. این را فرمود و حرکت کرد. من در آن مجلس شیفته اخلاق او شدم. سخنان کوتاه و با نفوذ آن عالم ربانی چنان در دلم اثر کرد که برنامه آینده‏‌ام را شناختم و تا مدتی که در نجف بودم محضر آن عالم باتقوا را رها نکردم و از محضرش استفاده کردم. آن دانشمند بزرگ آیت‏‌اللّه‏ العظمی حاج سیدعلی قاضی طباطبایی (1360 ـ 1285 ه. ق) بود.

بازگشت به قم
در فروردین 1325، عازم قم شده و اشتغالات علمی را از سر گرفت.
او می‌گوید: «هنگامی که به قم آمدم، مطالعه‌ای در برنامه درسی حوزه کردم و آن را با نیازهای جامعه اسلام سنجیدم و کمبودهایی در آن یافتم و وظیفه خود را تلاش برای رفع آنها دانستم . مهمترین کمبودهایی که در برنامه حوزه وجود داشت، در زمینه تفسیر قرآن و بحث‌های عقلی بود، از این رو درس تفسیر و درس فلسفه را شروع کردم و با اینکه درجو آن زمان تفسیر قرآن، علمی که نیازمند به تحقیق و تدقیق باشد، تلقی نمی‌شد و پرداختن به آن شایسته کسانی که قدرت تحقیق در زمینه‌های فقه و اصول را داشته باشند، به حساب نمی‌آمد، بلکه تدریس تفسیر نشانه کمی معلومات به حساب می‌آمد، من اینها را برای خودم عذر مقبولی در برابر خدای متعال ندانستم و آن را ادامه دادم تا به نوشتن تفسیر‌المیزان انجامید.» علامه طباطبایی تنها به درس عمومی فلسفه اکتفا نکرد و با تشکیل جلسات خصوصی با شاگردان برجسته خود، مانند شهید مطهری، به بررسی فلسفه‌های غربی، مخصوصاً ماتریالیسم پرداخت. این جلسات به تألیف کتاب «اصول فلسفه و روش رئالیسم» انجامید.
در 1328 در حوزه علمیه قم درس جدیدی دایر کرد. تقریرات درسی وی در رساله‌ای به نام «لباب‌الالباب» به چاپ رسید. علامه در علوم عقلی و نقلی مجتهد و در ادبیات، ادیبی زبردست بود. به فارسی و عربی قلم می‌زد. در سرودن شعر توانا بود و خط زیبایی نیز داشت.
او از سال 2ـ 1341 در نشست‌‌ها و اقداماتی که توسط علمای حوزه درباره نهضت اسلامی و آینده آن برگزار می‌شد، شرکت داشت. در اعلامیه معروف 9 امضایی که در اسفند 1341 توسط 9 نفر از مراجع وقت علیه اقدامات و مفاسد رژیم شاه به رشته تحریر درآمده، امضای وی در کنار امضای امام خمینی به چشم می‌خورد.

آثار علامه طباطبایی

علامه طباطبایی پس از پیروزی انقلاب به دلیل بیماری و کهولت سن قادر به فعالیت چندانی نبود.
از ایشان کتاب‌‌های ارزشمندی به جای مانده است:
1  -تفسیر‌المیزان
2 - رساله‌ای در مبدأ و معاد
 3 -حاشیه بر کفایةالاصول
4 - اصول فلسفه و روش رئالیسم
5 - سنن النبی
 6 -شیعه در اسلام
 7 - قرآن در اسلام
8 -نهایةالحکمه
9 -بدایةالحکمه
10 -وحی یا شعور مرموز
11-تعلیقه بر بعضی مجلدات بحارالانوار
12 - حاشیه بر اسفار ملاصدرا
13 - رساله‌ای در حکومت اسلامی
14 - رساله‌ای در قوه و فعل
15 -رساله‌ای در وسائط
16 -تعلیقه بر اصول کافی
17 -علی و فلسفه الهی
18 -حاشیه بر مکاسب شیخ‌انصاری
19 - نظریه السیاسه و الحکم فی‌الاسلام
20 -  رساله‌ای در عشق
علامه طباطبایی روز 24 آبان 1360 در 80 سالگی چشم از جهان فروبست و در حرم حضرت معصومه (س) به خاک سپرده شد.

منابع
مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی
پژوهشکده تاریخ معاصر
پیام زن شماره 56