آشنایی شهید قدوسی با مرحوم علامه طباطبایی‌، حادثه بزرگی در زندگی او بود. ارتباط شهید قدوسی با علامه طباطبایی همچنان ادامه یافت و سرانجام در سال 1334 شمسی داماد آن بزرگوار شد. از اقدامات مهم شهید قدوسی تأسیس و اداره مدرسه حقانی با همکاری شهید مظلوم آیت‌الله دکتر بهشتی بود. همچنین  شهید قدوسی در آستانه ورود امام به ایران‌، یکی از اعضای فعال «کمیته استقبال‌» بود. وی سپس به فرمان امام به دادستانی کل انقلاب اسلامی منصوب شد و حضرت امام هنگام دادن این پست به ایشان فرمودند: «اکنون دادستانی کل انقلاب قدرت اصلی کشور است و در واقع دولت اصلی همین است‌». سرانجام آیت‌الله قدوسی، در 14 شهریور 1360 توسط سازمان مجاهدین خلق (منافقین) به شهادت رسید. منافقین توانستند همچون ترورهای 7 تیر و 8 شهریور، با بهره‌گیری از «پروژه نفوذ» آیت‌الله قدوسی را به شهادت برسانند.
حاج احمد قدیریان از یاران و همراهان آیت‌الله شهید قدوسی در دادستانی انقلاب، در بخشی از کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است، درباره نحوه نفوذ منافقین و به شهادت رساندن آیت‌الله قدوسی می‌گوید:...شهادت آقای قدوسی بسیار عجیب بود. ایشان به یکی از کارکنان دادستانی به نام آقای فخار مشکوک شده بود، شخصی که بعدها دیدیم با مسعود رجوی عکس داشت. فخار در دادستانی نفوذ کرده بود. آقای قدوسی چندین بار به مسئولان پرسنلی تذکر داده بود که «مراقب او باشید، من نسبت به این شخص مشکوکم.»
روز سه‌شنبه یا چهارشنبه صحبت شده بود که آقای فخار به گزینش برود تا با او صحبت کنند. ایشان به آن قسمت آمده بود و پس از گفت‌و‌گوهای لازم، یک برگه تسویه حساب به او داده بودند و قرار بود از شنبه به دادستانی نیاید. ایشان پنجشنبه و جمعه وارد دادستانی شد و زیر میز شهید بزرگوار آقای قدوسی و همچنین در سقف مواد منفجره کار گذاشت. منافقین به محض اینکه آقای قدوسی وارد دادستانی شد و پشت میزش قرار گرفت، مواد را با هدایت از بیرون منفجر کردند.
براثر شدت انفجار، دیوار اتاق ایشان خراب گردید و آقای قدوسی به پایین پرت شد. کنار آقای قدوسی هم تعدادی از دوستان و برادران مجروح شدند. بعد از این انفجار، آقای قدوسی را به بیمارستان بردند و همان روز هم سر ایشان را عمل کردند، ولی موفق نشدند و ایشان همان بعدازظهر به درجه رفیع شهادت نائل شد. سازمان منافقین با نفوذی‌هایی که داشت، ضربه می‌زد تا تک تک کسانی را که بازوان قوی امام بودند از بین ببرد.