در همین دوران، سازمان نظامی مقاومت دگرگون شد. نیروهایی که تا پیش از آن بهصورت پراکنده و در قالب دستههای چریکی میجنگیدند، در آنکارا به ارتشی منظم و ملی سامان یافتند. مصطفی کمال با بهدست گرفتن فرماندهی کل، نیرویی پراکنده را به ارتشی متحد بدل ساخت. ثمره این انسجام در نبرد سرنوشتساز «سَقاریا» در اوت و سپتامبر ۱۹۲۱ آشکار شد؛ جایی که ارتش ترکیه طی سه هفته پایداری توانست پیشروی یونانیان را متوقف سازد و آنان را به عقبنشینی وادارد. یک سال بعد، با آغاز دوباره عملیات نظامی، ورق بهکلی برگشت. ارتش ملیگرا در رشته پیروزیهایی پیدرپی، قوای یونان را درهم شکست و آنان را ناگزیر ساخت که به سوی ازمیر عقبنشینی کنند. سرانجام در سپتامبر ۱۹۲۲، نیروهای تحت فرمان مصطفی کمال وارد ازمیر شدند و سپس راه شمال را در پیش گرفتند؛ سوی استانبول، جایی که هنوز قوای متفقین در آن مستقر بودند. کمال در این مقطع مصمم بود اصول «میثاق ملی» را بیکموکاست به اجرا گذارد؛ به معنای تحقق کامل حاکمیت ترکیه بر تمام سرزمینهای باقیمانده - حتی اگر این امر به رویارویی مستقیم با نیروهای بریتانیا میانجامید- اما عقلانیت سیاسی بر میدان غلبه کرد. با افزایش خطر برخورد میان ترکها و بریتانیاییها، دو طرف به میز مذاکره کشانده شدند. در ۱۱ اکتبر ۱۹۲۲، پیمان متارکه مودانیا میان ترکیه، یونان و بریتانیا به امضا رسید. بر پایه این توافق، ارتش یونان موظف شد خاک ترکیه را ترک کند و مقرر شد کنفرانسی بینالمللی برای بازنگری در مفاد پیمان سور تشکیل شود؛ کنفرانسی که در نهایت سرنوشت نوین جمهوری ترکیه را رقم زد.
مقدمات برگزاری کنفرانس صلح لوزان سرانجام به نقطهای رسید که حل و فصل مسأله وجود دو دولت موازی در ترکیه اجتنابناپذیر شد. بریتانیا، برای مذاکرات پیش رو، هم دولت استانبول و هم دولت آنکارا را به اعزام نماینده فراخواند؛ اما این دعوت، فرصتی طلایی در اختیار مصطفی کمال نهاد تا تکلیف دوگانگی قدرت را یکسره کند. او طرحی را به مجلس کبیر ملی ارائه داد که بر اساس آن، نهاد سلطنت لغو و منصب خلافت به مقامی صرفاً دینی، بیهیچ اختیار سیاسی، تقلیل مییافت. اگرچه گروهی از نمایندگان با این پیشنهاد مخالفت کردند، اما اراده آهنین و نفوذ سیاسی مصطفی کمال بر مجلس چربید. سرانجام، در اولین روز نوامبر ۱۹۲۲، قطعنامهای تاریخی به تصویب رسید: سلطنت برچیده شد و خلافت از آن جدا گردید. بدینسان، عمر نهادی که شش سده پیش با عثمان آغاز شده بود، به پایان رسید. سلطان محمد ششم وحیدالدین، سیوششمین و واپسین سلطان عثمانی، در پی این رویداد و در سایه حمایت بریتانیا، استانبول را ترک گفت. اندکی بعد، مجلس عبدالمجید، پسرعموی او را بهعنوان خلیفه مسلمانان برگزید. لغو سلطنت نهتنها پایان سیاسی امپراطوری عثمانی را رقم زد، بلکه انتخاب خلیفه اسلام به دست نهادی متشکل از نمایندگان منتخب ملت، نشانهای روشن از آغاز نظمی نوین در تاریخ معاصر ترکیه بود؛ نظمی که در آن، اراده ملت بر جایگاه سلطنتی هزارساله فائق آمد و مفهوم حاکمیت ملی بر فراز نهادهای کهن قد علم کرد.
