اگرچه برنامه‌های کرومر عمدتاً برای تأمین منافع امپریالیستی و مالی بریتانیا طراحی شده بودند، برخی از آنها به مصری‌ها نیز مزایای مادی محدودی می‌رساندند. اما، در بسیاری از حوزه‌های توسعه اجتماعی، سیاست‌های او تأثیرات پسرفت‌آمیز داشتند. این امر به‌ویژه در عرصه آموزش مشهود بود، جایی که روند رو به جلو ایجاد یک نظام مدارس دولتی که از ویژگی‌های برجسته دوره سلطنت اسماعیل به شمار می‌رفت، معکوس شد. برخلاف سیستم مدارس دولتی دوره اسماعیل که آموزش را رایگان ارائه می‌کرد، دولت کرومر شهریه را در تمامی سطوح تحصیلی اعمال کرد و دسترسی عمومی به آموزش دولتی را به شدت محدود ساخت. جنبه سیاسی این سیاست‌ها از تجارب کرومر در هند نشأت می‌گرفت؛ او بر این باور بود که توسعه مؤسسات آموزشی به سبک غربی به ویژه دانشگاه‌ها، روشنفکرانی مصری پرورش می‌دهد که با ایده‌های ملی‌گرایانه و حس نارضایتی از جایگاه خود روبه‌رو خواهند شد. یکی از عواملی که اشغال بریتانیا را طولانی کرد و موجب تنش میان کرومر و ملی‌گرایان مصری شد، مسأله سودان بود. اسماعیل، فتح سودان را که توسط محمدعلی آغاز شده بود، تکمیل کرده و حضور نظامی و اداری مصر در این سرزمین را مستحکم ساخته بود. اما در سال ۱۸۸۱، مردی که خود را «مهدی» می‌نامید شورشی علیه اشغال مصر در سودان آغاز کرد و نیروهایش به سرعت پادگان‌های پراکنده مصری را تصرف کردند. دولت مصر که مصمم به حفظ سودان بود، در سال ۱۸۸۳ نیرویی اکتشافی ضعیف به منطقه فرستاد، اما تمامی اعضای آن کشته شدند. تلاش‌های کمکی ژنرال چارلز گوردن نیز نتیجه‌ای بهتر نداشت و با مرگ گوردن در خارطوم در سال ۱۸۸۵، سودان برای 10 سال در اختیار مهدی و جانشینانش قرار گرفت. نه کرومر و نه دولت لندن تمایلی به آغاز یک کمپین نظامی پرهزینه نداشتند؛ عملی که می‌توانست فشار سنگینی بر خزانه‌های مصر و بریتانیا وارد کند و اوضاع را بیش از پیش پیچیده سازد.
در دهه ۱۸۹۰ میلادی، همزمان با شدت گرفتن رقابت میان قدرت‌های اروپایی برای تصاحب سرزمین‌ها در آفریقا، کابینه بریتانیا موضع خود را نسبت به سودان مورد بازنگری قرار داد. هنگامی که شایعاتی درباره حضور نیروهای فرانسوی در جنوب سودان به لندن رسید، دستور داده شد که یک مأموریت اکتشافی مشترک بریتانیایی-مصری تحت فرماندهی ژنرال هربرت کیچنر ترتیب یابد. بازپس‌گیری دشوار سودان توسط کیچنر از سال ۱۸۹۶ آغاز شد و تا سال ۱۸۹۸، نیروهای او موفق شدند خارطوم را به تصرف خود درآورند و آنچه دولت مصر مدعی بود، یعنی بازگرداندن کنترل سودان به مصر، عملی نشد. با این حال، کرومر و دولت بریتانیا برای سودان برنامه‌های دیگری داشتند. آنها پیش‌نویس‌هایی برای ایجاد یک کنسرسیوم بریتانیایی-مصری تهیه کرده بودند که عملاً بریتانیا را به قدرت حاکمه و مؤثر در سودان تبدیل می‌کرد.