شورش مسلحانه‌ یونان در سال ۱۸۲۱ آغاز شد و به‌سرعت در دو جبهه متفاوت گسترش یافت. در شمال، فیلایک هتایریا (انجمن دوستان) به رهبری الکساندر ایپسِلانتیس افسر پیشین ارتش روسیه، تلاش کرد در ولایت‌های دانوبی قیامی فراگیر برپا کند. اما نیروهای عثمانی با واکنشی سریع و قاطع، این جنبش را در همان آغاز سرکوب کردند. در سرزمین اصلی یونان، شورشیان با حمله به مراکز اداری عثمانی و قتل شماری از ساکنان ترک، نبرد را به شکل گسترده‌ای آغاز کردند. هرچند این قیام فاقد رهبری مرکزی و هماهنگی منسجم بود، اما موفق شد نیروهای عثمانی را از پلوپونز بیرون براند. با این حال، شورشیان نتوانستند مناطق شمالی را آزاد کنند و عثمانی‌ها نیز در بازپس‌گیری کامل پلوپونز ناکام ماندند. در میانه‌ این رویارویی خونین، هر دو طرف به انتقام‌جویی از غیرنظامیان دست زدند؛ خشونتی که زخم‌های عمیقی در حافظه جمعی دو ملت برجای گذاشت.دامنه‌ درگیری به استانبول نیز رسید. در پایتخت امپراطوری، خشم عثمانی‌ها به اعدام پاتریارک کلیسای ارتدوکس یونانی و رئیس دراگومان (مترجم ارشد دولت) انجامید. این واقعه نقطه‌ عطفی در روابط میان دولت عثمانی و نخبگان یونانیِ محله‌ فنار بود — گروهی که تا آن زمان در نقش مترجمان و واسطه‌های فرهنگی میان عثمانی و اروپا اعتماد حاکمان را جلب کرده بودند. پس از این اعدام‌ها، دولت عثمانی ناگزیر شد خود به تربیت مترجمان مسلمان برای فراگیری زبان‌های اروپایی بپردازد؛ تغییری که بعدها در شکل‌گیری نهادهای جدید دیوانی عثمانی نقشی مهم ایفا کرد.
در میانه‌ این بحران، سلطان محمود دوم که از بازپس‌گیری سرزمین‌های شورشی عاجز مانده بود، برای سرکوب قیام از محمدعلی پاشای مصر یاری خواست؛ فرمانده‌ای که نیروهایش پیش‌تر در حجاز کارنامه‌ای موفق بر جای گذاشته بودند. با ورود سپاه مصری به فرماندهی ابراهیم پاشا در کنار نیروهای عثمانی، در ظاهر به نظر می‌رسید که سرنوشت شورش یونان مهر شکست خورده است. اما ناگهان ورق برگشت. قدرت‌های بزرگ اروپایی که تا آن زمان ناظر منازعه بودند، به‌دلیل نگرانی از برهم‌خوردن توازن قدرت در شرق مدیترانه، وارد عمل شدند. در بریتانیا، افکار عمومی تحت تأثیر روایت‌های رمانتیک از «مبارزه یونانیان برای آزادی»، به‌طور گسترده از استقلال آنان حمایت می‌کرد. روسیه نیز طبق سنت دیرینه خود، با ادعای «حمایت از هم‌کیشان ارتدوکس»، خواهان مداخله در امور عثمانی شد. در این مقطع، الگوی دیپلماسی پیچیده‌ای شکل گرفت که بعدها با عنوان «مسأله شرقی» شهرت یافت. بریتانیا و روسیه هر دو در پی تضعیف عثمانی بودند، اما بیم آن داشتند که دیگری از خلأ قدرت برای گسترش نفوذ خود استفاده کند. نتیجه، نوعی موازنه‌ محتاطانه بود: دو کشور، به همراه فرانسه، طرحی برای میانجی‌گری میان عثمانی و شورشیان یونانی ارائه کردند؛ طرحی که قرار بود از یک‌سو مانع فروپاشی امپراطوری شود و از سوی دیگر، خواست یونانیان برای خودمختاری را تا حدی برآورده کند. اما سلطان محمود دوم، حاضر به پذیرش هیچ‌گونه میانجی‌گری نشد. از نظر او، تنها راه‌حل مشروع، بازگشت کامل حاکمیت عثمانی بر یونان بود. در واکنش به این سرسختی، قدرت‌های بزرگ اروپایی فشار خود را افزایش دادند. در سال ۱۸۲۷، ناوگان‌های بریتانیا، فرانسه و روسیه به سوی سواحل یونان حرکت کردند تا مسیر تدارکات نیروهای عثمانی-مصری را مسدود کنند. به‌گونه‌ای سرنوشت‌ساز- یا شاید تصادفی- هر دو ناوگان، اروپایی و عثمانی-مصری، در خلیج ناوارینو لنگر انداختند. هیچ‌یک قصد آغاز رسمی جنگ را نداشتند، اما تنش بالا گرفت و در ۲۰ اکتبر ۱۸۲۷ یکی از بزرگ‌ترین نبردهای دریایی قرن نوزدهم درگرفت. نتیجه، نابودی تقریباً کامل ناوگان عثمانی-مصری بود. این شکست نه‌تنها نقطه‌ پایان حضور نظامی مصر در جنگ یونان بود، بلکه سرآغاز مداخله مستقیم اروپا در امور عثمانی و تعیین مسیر استقلال یونان به شمار می‌آید.