پیچیدگی‌های حکومت محمدعلی پاشا را نباید بیش از اندازه بزرگ‌نمایی کرد. او دولت خود را نه همچون یک نظام دیوان‌سالار مدرن، بلکه بیشتر شبیه به اداره یک «خانه بزرگ» مدیریت می‌کرد. پسرانش در پست‌های کلیدی گماشته می‌شدند، مقامات وفادارش در ازای خدمت، زمین و امتیاز دریافت می‌کردند و تصمیم نهایی در همه امور، بی‌استثنا، با شخص او بود. موفقیت محمدعلی در مصر، برخلاف تصور عمومی، حاصل پیوند او با مردم این سرزمین نبود. او نه یک مصری، بلکه یک حاکم عثمانی‌تبار بود که اغلب از رعایای خود دل خوشی نداشت. زبان رسمی در بالاترین سطوح حکومتش ترکی عثمانی بود، نه عربی، و نخبگان بوروکرات و نظامی‌اش عمدتاً از میان ترک‌ها و چرکسی‌ها انتخاب می‌شدند. محمدعلی در پیروی از سنت دیرینه عثمانیان، برای اداره دولت از اقلیت‌های مذهبی نیز بهره می‌برد. شمار قابل‌توجهی از مسیحیان محلی در ساختار اداری او حضور داشتند. از جمله، بوغوس پاشا، وزیر امور خارجه و مشاور نزدیکش، یک ارمنی بود که نقشی کلیدی در دستگاه دیپلماسی حکومت ایفا می‌کرد. با این حال، سیاست‌های آموزشی و اداری محمدعلی به‌تدریج زمینه‌ساز تحولی عمیق در ساختار قدرت مصر شد. هرچند مناصب ارشد نظامی همچنان در اختیار غیرمصریان باقی ماند، اما فارغ‌التحصیلان مدارس جدیدی که او پایه‌گذاری کرده بود، به‌مرور وارد دستگاه بوروکراسی شدند و جایگاه‌های مهمی را تصاحب کردند. تنها یک نسل پس از مرگ محمدعلی، زبان عربی جایگزین ترکی عثمانی در امور اداری شد؛ نشانه‌ای روشن از آن‌که اصلاحات او ناخواسته مسیر دگرگونی فرهنگی و اداری مصر را هموار کرده بود.

جنگ‌ها و سیاست گسترش قلمرو
برخلاف سلیم سوم که فرصت بهره‌برداری از ارتش نوساز خود را نیافت، محمدعلی توانست نیروی نظامی مدرنش را به میدان‌های نبرد در سراسر خاورمیانه اعزام کند. این لشکرکشی‌ها در آغاز به نام سلطان عثمانی انجام می‌شد، اما با گذر زمان، به تهدیدی برای خود امپراطوری بدل شد و قلمرو مصر را تا آستانه فتح استانبول گسترش داد. اولین عملیات برون‌مرزی محمدعلی علیه وهابی‌ها در غرب شبه‌جزیره عربستان انجام شد؛ جنبشی مذهبی که بر شهرهای مقدس مکه و مدینه تسلط یافته بود. سلطان عثمانی، محمود دوم، که درگیر جنگ‌های اروپا و بحران‌های داخلی بود، از محمدعلی خواست شورش را سرکوب کند. سپاه مصر به فرماندهی پسرش ابراهیم پاشا، که به مهارت نظامی شهرت داشت، در سال ۱۸۱۱ میلادی وارد عربستان شد. پس از نبردی دشوار و طولانی، نیروهای او موفق به بازپس‌گیری مکه و مدینه شدند و نفوذ مصر را در حجاز تثبیت کردند. کمی بعد، در سال ۱۸۲۰، عملیات فتح سودان آغاز شد و بخش‌های گسترده‌ای از این منطقه، از جمله سواحل دریای سرخ، به تدریج به قلمرو مصر افزوده شد. این فتوحات نه تنها وسعت سرزمین تحت فرمان محمدعلی را گسترش داد، بلکه جایگاه او را در معادلات قدرت خاورمیانه تثبیت کرد و پایه‌های اقتدار سیاسی و نظامی‌اش را استوار ساخت.