تشکیل و گسترش ارتش نظام جدید، مخالفت آشکار آن دسته از عناصر جامعه عثمانی را که از تضعیف اقتدار مرکزی بهره‌مند شده بودند، برانگیخت. از همان آغاز سلطنت سلیم، ینی‌چری‌ها کل برنامه اصلاحات نظامی او را تهدیدی برای استقلال خود می‌دانستند و از خدمت در کنار ارتش جدید در میدان نبرد سر باز زدند. دربی‌ها، بزرگان ناحیه‌ای، نیز بیم داشتند که سلطان برای تأمین مالی نیروهای جدید، تیمارها را مصادره کرده و درآمد آنها را به ارتش نظام جدید اختصاص دهد. مخالفت‌های دیگری نیز از سوی علما و اعضای دیگر طبقه حاکم که با اصلاحات نظامی به سبک اروپایی موافق نبودند، شکل گرفت.
به رهبری ینی‌چری‌های شورشی، این نیروها در سال ۱۸۰۶ گرد هم آمدند، سلیم سوم را از سلطنت برکنار کردند و مصطفی چهارم را به‌عنوان جانشین او برگزیدند؛ کسی که متعهد شد در امور و امتیازات آنان دخالتی نکند. فرمان عزل، سلیم را به بی‌اعتنایی به اسلام و سنت عثمانی متهم ساخت. در سال پس از آن، سفارتخانه‌های عثمانی در اروپا تعطیل و نیروهای نظام جدید منحل شدند و سرانجام سلطان معزول -که اصلاحات محتاطانه‌اش تنها در پی حفظ سنت عثمانی بود- به قتل رسید.

احیای مرکز قدرت: مصرِ محمدعلی، 1848-1805
درگیری‌های پی‌درپی امپراطوری عثمانی با دولت‌های اروپایی و کارزارهای نظامی آن علیه سرسالاران محلی، توان این دولت را در نگاهبانی از اقتدار اداری خویش بر برخی ایالات به ‌طرز چشمگیری کاست. این ناتوانی، بویژه در سرزمین مصر آشکار بود؛ ولایتی که تا اواخر سده هجدهم، اگر نه در ظاهر، دست‌کم در واقعیت، به دولتی نیمه‌مستقل تحت سیطره ممالیک مبدل شد. هرچند عثمانیان همچنان فرماندارانی به قاهره اعزام می‌کردند، اما بی‌های مملوک در عمل جایگزین نمایندگان سلطان شده و به کانون اصلی قدرت سیاسی، مالی و اداری در این دیار بدل شدند. 

بازگشت ممالیک 
و تهاجم فرانسه
حکومت ممالیک، حکومتی آشفته، ستمگر و ناخوشایند بود؛ فاقد مرکزی یکپارچه و استوار بر شبکه‌ای از خاندان‌های رقیب که هر یک جداگانه مالیات گردآوری می‌کردند، سپاهیانی در اختیار داشتند و با بازرگانان محلی و نمایندگان اروپایی داد و ستد می‌کردند. در فقدان یک مرکزیت کارآمد، جامعه مصری بر شالوده توافق‌هایی لرزان میان ممالیک، اصناف، تجار برجسته و علمای دین اداره می‌شد. با این همه، گاه یکی از سرداران مملوک با گرد آوردن سپاهیان و حامیان بسیار، بر دیگران تفوق می‌یافت. از نامدارترین اینان، علی‌بک کبیر (1773-1760) بود که تجارت مصر را با انگلستان و فرانسه رونق بخشید و برای نوسازی سپاه، دست به استخدام مستشاران اروپایی و خرید سلاح‌های فرنگی زد، اما سرانجام به دست یکی از سرداران خویش از پای درآمد. از سال ۱۷۷۵ تا ۱۷۹۸ حاکمیت مصر در قبضه اتحادی شکننده میان دو جناح متخاصم مملوکی باقی ماند.