میرزا محمدحسین نائینی در هنگامه‌ای می‌زیست که استبداد دیرپا و نارضایتی اجتماعی دین را به عرصه سیاست فراخوان می‌کرد. او در چنین فضایی کوشید تا با زبانی فقهی و در قالب استدلال‌های دینی، از ضرورت حکومت قانون و تحدید قدرت سخن بگوید. رساله‌ «تنبیه‌الأمه و تنزیه‌الملّه»، پاسخی به بحران مشروعیت در عصر مشروطه و تلاشی برای بازسازی شریعت در نسبت با دولت جدید بود. آثار و پژوهش‌های فراوانی که پس از او درباره اندیشه‌اش نوشته شده، نشان می‌دهد که هنوز پرسش‌هایی که او طرح کرد مانند امکان هم‌زیستی دین و دموکراسی یا حدود ولایت فقیه در عصر غیبت برای اندیشه سیاسی شیعه زنده و بنیادین است.
کتاب «پژوهشی در اندیشه سیاسی نائینی» نوشته سید جواد ورعی، یکی از این تلاش‌ها برای استخراج مبانی فکری نائینی از میان آثار اوست. نویسنده با نگاهی مستند و تحلیلی می‌کوشد تا بر پایه محکمات اندیشه او، تصویری منسجم از دیدگاهش درباره دولت، قانون، ولایت و آزادی ارائه کند. در این اثر علاوه بر بررسی محتوای تنبیه‌الأمه، نسبت اندیشه نائینی با مشروطه‌خواهان غرب‌گرا و مشروعه‌طلبان نیز تحلیل می‌شود. مؤلف کوشیده است با بازگشت به متون اصلی مرز میان محکمات و متشابهات در آثار نائینی را روشن کند و نظام فکری او را در چهارچوب فقه سیاسی شیعه بازنماید.
کتاب «حکومت دینی در اندیشه نائینی» نوشته مهدی ابوطالبی‌یزدی با رویکردی تفسیری به سراغ همان رساله مشهور نائینی می‌رود اما تمرکز خود را بر تحلیل فقهی و سیاسی آن می‌گذارد. نویسنده در آغاز زندگی و زمانه نائینی را مرور می‌کند و سپس با آوردن تقریظ‌های آخوند خراسانی و ملاعبدالله مازندرانی، جایگاه این اثر در میان علمای عصر مشروطه را نشان می‌دهد. در ادامه متن تنبیه‌الأمه را به‌تفصیل شرح می‌دهد و موضوعاتی مانند حدود حکومت، تهدید سلطنت و نسبت میان دین و قانون را بر پایه مبانی فکری نائینی توضیح می‌دهد. این کتاب از این جهت اهمیت دارد که کوشیده است دیدگاه نائینی را از زاویه درونی فقه تفسیر کند.
در کتاب «مرجعیت در عرصه اجتماع و سیاست» نوشته محمدحسین منظورالاجداد، نائینی در کنار دیگر مراجع برجسته دوران معاصر، از جمله سیدابوالحسن اصفهانی و حاج آقا حسین قمی در بستر تاریخی گسترده‌تری دیده می‌شود. اثر یادشده مجموعه‌ای از اسناد و گزارش‌های دولتی درباره نقش مراجع در تحولات سیاسی ایران است و نشان می‌دهد که چگونه نائینی و هم‌روزگارانش از جایگاه مرجعیت تقلید در بزنگاه‌های حساس تاریخ معاصر به صحنه سیاست گام نهادند. این کتاب به خواننده امکان می‌دهد جایگاه نائینی را در عرصه نظری و میدان عمل و در پیوند با تحولات اجتماعی و سیاسی زمانه‌اش درک کند.
اثر دیگر «علامه نائینی: فقیه نظریه‌پرداز» نوشته گروهی از نویسندگان مجله حوزه و منتشرشده از سوی مؤسسه بوستان کتاب، کوششی برای بازخوانی میراث نائینی از منظر نهاد روحانیت است. در این کتاب مشروطه به‌مثابه صحنه‌ای دیده می‌شود که در آن مکتب اهل بیت(ع) توانست ظرفیت‌های خود را در پاسخ به نیازهای زمان نشان دهد. نویسندگان نائینی را از جمله علمایی می‌دانند که فقه را از مدرسه به متن اجتماع آورد و نشان داد که اسلام می‌تواند در هر زمان و مکان، راهنمای زیست جمعی باشد. مباحثی چون فقاهت و سیاست، مواجهه علمای دین با روشنفکران غرب‌گرا و تقابل اندیشه دینی با نفوذ سیاسی قدرت‌های بیگانه از محورهای این مجموعه است.
این چهار کتاب هرچند از منظرهای متفاوتی به میرزا محمدحسین نائینی پرداخته‌اند ولی در یک نکته مشترک‌اند و آن بازخوانی کوششی است که او برای آشتی دادن ایمان دینی با عقل سیاسی و عدالت اجتماعی آغاز کرد. اندیشه نائینی همچنان در مرکز گفت‌وگوهای مربوط به دولت دینی و فقه سیاسی معاصر قرار دارد و مطالعه این آثار، تصویری روشن‌تر از آنچه در آغاز قرن چهاردهم هجری در نجف و تهران شکل گرفت، به دست می‌دهد.