حمله به شیعیان، کشتن آنها و بازداشت زکزاکی و همسرش نه‌تنها با اعتراضات گسترده مردم نیجریه اعم از یاران و هواداران که همه مردم آزادی‌خواه اعم از مسیحی و مسلمان همراه بود که با همراهی و اعلام حمایت مردم  دیگر کشورهای جهان از جمله در امریکا، استرالیا، انگلیس، سوئد و ترکیه مواجه شد.
در ایران رهبر معظم انقلاب اسلامی و جمعی از دیگر مراجع تقلید در موضعگیری‌هایی به اعلام حمایت از شیخ زکزاکی در بالاترین سطح پرداختند.مقام معظم رهبری در موارد متعددی نسبت به ظلم دولت نیجریه علیه شیخ زکزاکی به‌عنوان «یکی از شخصیت‌های مظلوم دنیا» موضع گرفتند.
ایشان یک‌بار در جمع مسئولان کشور ایران و میهمانان کنفرانس وحدت اسلامی، بااشاره به وقایع نیجریه و فاجعه‌خواندن حمله به شیعیان در نیجریه  زکزاکی را «مصلح تقریبی مؤمن» دانست که شش فرزند او طی دو سال به شهادت رسیده‌اند. رهبر معظم انقلاب همچنین سال 1396 در دیدار رئیس و مسئولان قوه قضاییه، پیگیری حقوقی مسائل و قضایای بین‌المللی را  بسیار مهم دانستند و تأکید کردند که قوه قضاییه باید در موضوعاتی همچون حمایت از شخصیت‌های مظلوم دنیا مانند شیخ زکزاکی از جایگاه حقوقی وارد شود و نظر حمایتی و یا مخالفت خود را قاطعانه اعلام کند تا در دنیا منعکس شود.رئیس‌جمهور وقت ایران نیز پس از حمله مأموران دولتی نیجریه به حسینیه شیعیان در شهر زاریا، در تماس تلفنی با محمد بوهاری، رئیس‌جمهور نیجریه، از وی خواست کمیته حقیقت‌یاب برای بررسی خشونت‌ها بر ضد شیعیان تشکیل شود. وزارت خارجه کشورمان نیز در واکنش به آن حملات، سفیر نیجریه در تهران را احضار و خواستار محافظت از شیعیان در نیجریه شد.
تجمعات مردمی و دانشجویی برای آزادی شیخ زکزاکی در کشورمان اما در سال‌های 97 و 98 و در واکنش به عدم آزادی شیخ علیرغم بیماری و باوجود حکم دادگاه عالی نیجریه اوج گرفت. تجمعاتی که حتی معترض ضعف عملکرد مسئولان وقت وزارت امورخارجه در پیگیری وضعیت شیخ زکزاکی  بودند و  با سر دادن شعارهایی همچون «دیپلماسی ضعیف، قاتل شیخ شریف» و «خمینی آفریقا آزاد باید گردد» خواستار آزادی هر چه سریع‌تر او بودند.
گستردگی حمایت‌های جهانی از روحانی‌ای که جز مبارزه مدنی و حمایت از مردم مظلوم اتهام دیگری نداشت عاقبت در تیرماه سال 1400 محقق شد.
شیخ مدتی پس از آزادی در مصاحبه با تلویزیون «پرس تی‌وی» با بیان اینکه «ما خواستار عدالت و مبارزه با ظلم هستیم؛ برای همه بشریت؛ حتی برای کسانی که هیچ دینی ندارند؛ برای همه عدالت می‌خواهیم » گفت: همین باعث شده است تا تعداد زیادی از مردم به ما بپیوندند.
بسیاری از مسیحیان در اربعین به راهپیمایی‌ها در کربلا پیوستند. آنها هم مخالف ظلم و هم خواستار عدالت هستند. از اهل بیت (ع) یاد گرفتیم که باید با ظلم مبارزه کنیم.
وی در آن مصاحبه با تاکید بر اینکه اکنون شرایط به‌گونه‌ای‌است که مردم همه چیز را می بینند و شاهدان عینی وجود دارند که انکار جنایات را غیرممکن می‌کنند، افزود: تعداد زیادی از مردم در نیجریه خواستار تأسیس نظامی اسلامی در این کشور هستند؛ اما دولت ابوجا (پایتخت نیجریه )از نظام اسلامی می ترسد و علنی و غیرعلنی گفته‌اند که از جنبش اسلامی و توان بالقوه‌ای که ممکن است به تأسیس نظام اسلامی همانند انقلاب اسلامی ایران منتهی شود، هراس دارند. باید بگویم که جنبش اسلامی به‌دنبال دموکراسی است. دموکراسی چیست؟ دولت منشعب از مردم.اشاره زکزاکی به اندیشه آزادی‌خواهی و استقلال‌طلبی بود که در جمهوری اسلامی ایران تحقق یاقت و او برای تکرار این تجربه برای مردم کشورش عمری مبارزه ، زندان ، حصر و از دست دادن یاران و عزیزانش را به جان پذیرفت.