تیم ملی در حالی به کار خود در جام جهانی 2006 آلمان پایان داد که در ادامه راه امیر قلعه‌نویی به جای برانکو ایوانکوویچ هدایت این تیم را در دست گرفت. ایران در اولین بازی‌اش با مربیگری قلعه‌نویی، 1-0 امارات را برد و سپس در مقدماتی جام ملت‌های آسیا، دو تساوی 1-1 با سوریه و کره جنوبی به دست آورد. اما در دیدار دوباره سوریه را 2-0 برد. تیم ملی در ادامه و در تورنمنت ال‌جی کاپ، 2-0 عراق را برد و با اردن بدون گل مساوی شد و سپس در ادامه راهش در مقدماتی جام ملت‌ها، تایوان و کره جنوبی را با نتایج مشابه 2-0 شکست داد. تیم ملی در ادامه دیدارهای دوستانه‌ای را برگزار کرد که طی آن، امارات را 2-0 برد و با بلاروس 2-2 مساوی کرد. تیم ملی، قطر را 1-0 برد ولی برابر مکزیک شکست سنگین 4-0 را تجربه کرد. ایران در مسابقات غرب آسیا و پس از تساوی بدون گل با عراق، 2-0 فلسطین را برد. شاگردان قلعه‌نویی در نیمه‌نهایی، 1-0 اردن را بردند و سپس 2-1 عراق را شکست دادند تا قهرمان شوند. ایران پیش از جام ملت‌ها با جامائیکا دیدار کرد و این تیم را 8-1 شکست داد که بهترین برد ایران در زمان مربیگری قلعه‌نویی بود. تیم ملی در جام ملت‌ها هم 2-1 ازبکستان را برد و پس از تساوی 2-2 با چین، 2-0 مالزی را شکست داد اما در مرحله یک چهارم نهایی و پس از تساوی بدون گل، در ضربات پنالتی 5-4 مغلوب کره جنوبی شد تا تیم ملی حذف شود و دوره اول حضور ژنرال هم در این تیم به پایان برسد.
